鲲鹏众智-基于openEuler系统的BUSCO、Ambertools、flye,trimmomatic等11款软件的迁移心得感受
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鲲鹏众智-基于openEuler系统的BUSCO、Ambertools、flye,trimmomatic等11款软件的迁移心得感受
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发表于2022-10-25 21:30:12
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鲲鹏众智项目HPC软件迁移主要包括BUSCO、Ambertools、flye、trimmomatic、repeatmasker、EIGENSOFT、HMMER、Falcon、genewise、bamtools、freesurfer这11款HPC软件。包含了生命科学,分子动力学领域,涉及到方方面面。项目中使用毕昇编译器和HyperMPI通信库将软件迁移到openEuler平台。

这次参加众智项目给了我很大的提升和进步,首先在项目中使用了当时最新的毕昇编译器,因为clang和gcc编译语法差别的问题,在刚开始的过程中遇到了一些问题,在不断排错纠正错误的过程中加深了对编译器的理解,也加深了对c、c++、fortran科学领域中HPC软件常用的编程语言的认知。此次项目需要我们提交自动化脚本和一键可移植压缩包,在对接和修改的过程中,和华为的专家进行了深入的交流,大大丰富了我在shell上的知识,和Linux系统的编程。这次项目采取pr进行提交,加深了我对工程化的理解,也提高了我对git等命令的操作理解。除此之外,还在整个迁移调优的过程中,使用了华为自研的Devkit的工具,加速了迁移的流程,也为后续与X86平台性能对比提供了一个分析瓶颈的途径。

此次项目中印象比较深的一部分是在移植期间,实验室团队人员,老师我们同心协力,不断合作,每周定期开展会议,讲述自己在项目中遇到的问题和困难,相互交流进行改进和纠正。这让我们项目中的进度大大提高了。

最后,十分感谢华为这次鲲鹏众智计划给了我们这次学习和实践的机会,也感谢老师的指导,在项目的过程中,也感谢对接的每一个华为专家,学习到了很多知识,把书本上的知识应用到实践中,也加入了华为的openEuler生态中,贡献了自己的一份微薄之力。

                                                          兰州大学-高性能计算系统与应用研究团队-李沛桢

                                                          指导老师:张洋老师,陈文波老师

本帖最后由 匿名用户2023/11/17 15:14:46 编辑

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