一、软件介绍：

atlas-metadata-validator：用于解析一组 MAGE-TAB 文件并检查与 Expression Atlas 和 Single Cell Expression Atlas 分析管道的兼容性。

开发语言：Python

源码地址：https://github.com/ebi-gene-expression-group/atlas-metadata-validator/archive/refs/tags/v1.6.1.tar.gz

二、安装步骤：

1、python安装：

yum install python3 python3-devel python3-pip

2、git安装：

yum install git

3、atlas-metadata-validator安装：

cd /path/to/atlas-metadata-validator

wget https://github.com/ebi-gene-expression-group/atlas-metadata-validator/archive/refs/tags/v1.6.1.tar.gz

tar xf v1.6.1.tar.gz

cd atlas-metadata-validator-1.6.1

（可选）python3 -m venv env

（可选）source env/bin/activate

python setup.py install

3、typing-extensions重新安装：

pip install typing-extensions==4.7.1

三、软件验证：

atlas_validation.py -h

四、故障排查：

1、软件验证时报错def TypedDict(typename, fields=_marker, /, *, total=True, **kwargs): 

                                            ^ 

SyntaxError: invalid syntax 

解决方案：系统自带的python3版本为3.7，经查询python环境下的typing-extensions版本是4.8.0，根据官方说法，4.8.0的版本不再支持python3.7，可能将导致用法不一致，降低typing-extensions版本为上一个版本4.7.1即可

2、降低typing-extensions版本为4.7.1后重新运行程序，报错ImportError: Bad git executable.

解决方案：环境中缺少git命令，安装git即可解决