一、软件介绍:
flair(RNA 的全长替代异构体分析)用于噪声读取的校正、异构体定义和选择性剪接分析。flair主要用于纳米孔 cDNA、天然 RNA 和 PacBio 测序读取。
开发语言:Python
源码地址:https://github.com/BrooksLabUCSC/flair/archive/refs/tags/2.0.0.tar.gz
二、安装步骤:
1、依赖安装:
yum install python3 python3-devel python3-pip bzip2-devel xz-devel
pip3 install numpy tqdm ncls pybedtools mappy==2.24 pysam scip
2、flair安装:
cd /path/to/flair
wget https://github.com/BrooksLabUCSC/flair/archive/refs/tags/2.0.0.tar.gz
tar xf 2.0.0.tar.gz
cd flair-2.0.0
export PATH=`pwd`/bin:`pwd`/src/flair:$PATH
三、软件验证:
flair --version

一、软件介绍:
flair(RNA 的全长替代异构体分析)用于噪声读取的校正、异构体定义和选择性剪接分析。flair主要用于纳米孔 cDNA、天然 RNA 和 PacBio 测序读取。
开发语言:Python
源码地址:https://github.com/BrooksLabUCSC/flair/archive/refs/tags/2.0.0.tar.gz
二、安装步骤:
1、依赖安装:
yum install python3 python3-devel python3-pip bzip2-devel xz-devel
pip3 install numpy tqdm ncls pybedtools mappy==2.24 pysam scip
2、flair安装:
cd /path/to/flair
wget https://github.com/BrooksLabUCSC/flair/archive/refs/tags/2.0.0.tar.gz
tar xf 2.0.0.tar.gz
cd flair-2.0.0
export PATH=`pwd`/bin:`pwd`/src/flair:$PATH
三、软件验证:
flair --version