软件介绍：GeneMark 用于注释第一个完全测序的细菌流感嗜血杆菌和第一个完全测序的古细菌

操作系统：kylinv10

硬件：kunpeng920 CPU

预置步骤：

1、安装exagear for server，可以参考链接：https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpengdevps/ug-exagear/usermanual/kunpengexagear_06_0019.html

2、安装相关依赖

yum install perl-CPAN

cpan -i YAML

cpan -i Hash::Merge

cpan -i Logger::Simple

cpan -i Parallel:ForkManager

cpan -i MCE::Mutex

3、获取安装包

下载地址：exon.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi

注意：该软件需填写申请后才可下载，包含（主软件+许可证）

许可证key：

安装软件：

进入到安装包目录，解压安装包，设置许可证，设置环境变量

cd /path/to/GeneMark

tar xvf gmes_linux_64_4.tar.gz

gunzip gm_key_64

cd gmes_linux_64_4

mv ../gmes_linux_64_4 ./.gm_key

export PATH=/path/to/GeneMark/gmes_linux_64_4:$PATH

运行软件：

cd /path/to/GeneMark/gmes_linux_64_4/GeneMark-E-tests/EP/input

exagear

gmes_petap.pl --ES --cores 10 --sequence genome.fasta

备注：gmes_petap.pl本身整合了geneMark-ES和geneMark-ET两个功能，genemark-ES用于基因组数据的预测，geneMark-ET用于转录组数据的预测

--ES表示采用geneMark-ES算法，--cores指定并行的CPU个数，--sequence指定输入的fasta格式的序列。

结果回显，最终生成genemark.gtf