前提:
利用anaconda工具,安装好biobakery_workflows以及相关软件(包括但不限于Kneaddata、MetaPhlAn、HUMAnN等等),下载好databases
现象:
当运行workflows时提示以下报错

解决思路:
通过报错看出anadama2/workflow.py的775行出现问题,出现一个意外的参数
打开workflow.py,将reverse=True注销掉

重新运行workflows,即可通过,同时在output_data下生成相应文件


ps:该TypeError报错也有可能与anadama2的版本有关系,可以通过重装biobakery_workflows环境下anadama2的版本尝试。
参考地址:
https://github.com/biobakery/biobakery/wiki/biobakery_workflows
前提:
利用anaconda工具,安装好biobakery_workflows以及相关软件(包括但不限于Kneaddata、MetaPhlAn、HUMAnN等等),下载好databases
现象:
当运行workflows时提示以下报错
解决思路:
通过报错看出anadama2/workflow.py的775行出现问题,出现一个意外的参数
打开workflow.py,将reverse=True注销掉
重新运行workflows,即可通过,同时在output_data下生成相应文件
ps:该TypeError报错也有可能与anadama2的版本有关系,可以通过重装biobakery_workflows环境下anadama2的版本尝试。
参考地址:
https://github.com/biobakery/biobakery/wiki/biobakery_workflows