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解决biobakery_workflows运行时报错TypeError: topological_sort()
解决biobakery_workflows运行时报错TypeError: topological_sort()
发表于2023/07/04
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前提:

利用anaconda工具,安装好biobakery_workflows以及相关软件(包括但不限于Kneaddata、MetaPhlAn、HUMAnN等等),下载好databases

现象:

当运行workflows时提示以下报错

cke_760.jpeg

解决思路:

通过报错看出anadama2/workflow.py的775行出现问题,出现一个意外的参数

打开workflow.py,将reverse=True注销掉

cke_1366.jpeg
重新运行workflows,即可通过,同时在output_data下生成相应文件

cke_2441.jpeg

cke_3158.jpeg
ps:该TypeError报错也有可能与anadama2的版本有关系,可以通过重装biobakery_workflows环境下anadama2的版本尝试。

参考地址:

https://github.com/biobakery/biobakery/wiki/biobakery_workflows

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