一、软件介绍：
VelvetOptimiser 旨在作为 Velvet 汇编程序（Zerbino 和 Birney 2008）的包装脚本运行，并协助优化汇编。它在提供的哈希值范围内搜索最佳值，估计预期覆盖范围，然后搜索最佳覆盖范围截止值。它使用 Velvet 的内部机制来估计配对末端库的插入长度。它可以通过默认优化条件或用户提供的优化条件来优化程序集。它将结果输出到子目录，并将所有操作记录在日志文件中。
开发语言：perl
源码地址：https://github.com/tseemann/VelvetOptimiser/archive/refs/tags/2.2.6.tar.gz
二、安装步骤：
1、依赖perl安装：
cd /path/to
wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.34.0.tar.gz
tar xvf perl-5.34.0.tar.gz
cd perl-5.34.0
./Configure -des -Dprefix=/path/to/perl -Dusethreads -Uinstalluserbinperl -Dcc=gcc
make
make test
make install
export PATH=/path/to/perl/bin:$PATH
export PERL5LIB=/path/to/perl/lib/site_perl/5.34.0
cpan
o conf urllist unshift http://mirrors.163.com/cpan/
o conf commit
quit
2、依赖velvet安装：
cd /path/to
wget https://codeload.github.com/dzerbino/velvet/tar.gz/v1.2.10 -O velvet-1.2.10.tar.gz
tar xvf velvet-1.2.10.tar.gz
cd velvet-1.2.10
export OMP_NUM_THREADS=96
export OMP_THREAD_LIMIT=95
sed -ri 's/\-m64/\-mabi=lp64/g' Makefile
make 'GATEGORIES=10' 'MAXKMERLENGTH=57' 'LONGSEQUENCES=1' 'OPENMP=1' 'BUNDLEDZLIB=1'
export PATH=/path/to/velvet-1.2.10:$PATH
3、velvetoptimiser安装：
cd /path/to
tar xf 2.2.6.tar.gz
yum install libdb libdb-devel
cpan App::cpanminus
cpanm Bio/SeqIO.pm
export PATH=/path/to/VelvetOptimiser-2.2.6/bin:$PATH
三、运行验证：
VelvetOptimiser.pl --help
'%3e%3c/path%3e%3c/g%3e%3c/g%3e%3c/svg%3e)
'%3e%3c/path%3e%3c/g%3e%3c/g%3e%3c/svg%3e)
一、软件介绍：
VelvetOptimiser 旨在作为 Velvet 汇编程序（Zerbino 和 Birney 2008）的包装脚本运行，并协助优化汇编。它在提供的哈希值范围内搜索最佳值，估计预期覆盖范围，然后搜索最佳覆盖范围截止值。它使用 Velvet 的内部机制来估计配对末端库的插入长度。它可以通过默认优化条件或用户提供的优化条件来优化程序集。它将结果输出到子目录，并将所有操作记录在日志文件中。
开发语言：perl
源码地址：https://github.com/tseemann/VelvetOptimiser/archive/refs/tags/2.2.6.tar.gz
二、安装步骤：
1、依赖perl安装：
cd /path/to
wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.34.0.tar.gz
tar xvf perl-5.34.0.tar.gz
cd perl-5.34.0
./Configure -des -Dprefix=/path/to/perl -Dusethreads -Uinstalluserbinperl -Dcc=gcc
make
make test
make install
export PATH=/path/to/perl/bin:$PATH
export PERL5LIB=/path/to/perl/lib/site_perl/5.34.0
cpan
o conf urllist unshift http://mirrors.163.com/cpan/
o conf commit
quit
2、依赖velvet安装：
cd /path/to
wget https://codeload.github.com/dzerbino/velvet/tar.gz/v1.2.10 -O velvet-1.2.10.tar.gz
tar xvf velvet-1.2.10.tar.gz
cd velvet-1.2.10
export OMP_NUM_THREADS=96
export OMP_THREAD_LIMIT=95
sed -ri 's/\-m64/\-mabi=lp64/g' Makefile
make 'GATEGORIES=10' 'MAXKMERLENGTH=57' 'LONGSEQUENCES=1' 'OPENMP=1' 'BUNDLEDZLIB=1'
export PATH=/path/to/velvet-1.2.10:$PATH
3、velvetoptimiser安装：
cd /path/to
tar xf 2.2.6.tar.gz
yum install libdb libdb-devel
cpan App::cpanminus
cpanm Bio/SeqIO.pm
export PATH=/path/to/VelvetOptimiser-2.2.6/bin:$PATH
三、运行验证：
VelvetOptimiser.pl --help