现象：

在服务器上作业调度运行GATK报错

根因分析：

按以往经验查看No such file or directory的报错是缺少文件，但这个没有提示更多的信息，经过查阅相关资料，gatk调用python的subprocess模块，该模块的功能是执行命令，返回结果和状态，正常为0 ，执行错误则抛出异常，等于说，gatk在执行的时候应该是找不到某些命令则程序异常了，从下往上追溯，打开gatk的第375行

可以看到check_call是在runCommand函数里面调用，接着往上查询runCommand在哪里还调用了

找到在318行里面，首次调用runCommand，320行已经说明了cmd的命令，getLocalGatkRunCommand，可以看到getLocalGatkRunCommand后面接的是(javaOptions)，看到这里大概率猜到是gatk调用java的时候报错了，检查了计算节点的java，确实缺少了java包，用yum 装好java后即解决

解决方法：

yum install java-1.8.0-openjdk*