简介
Canu是用于第三代测序数据（PacBio或Oxford Nanopore）组装的软件，其源码主要基于C语言和C++。具体源码在GitHub获取，或者也可在Gitee镜像仓库获取: git clone https://github.com/marbl/canu.git 或 git clone https://gitee.com/mirrors/Canu.git
本实验将对Canu源码进行修改和验证，使其能够在鲲鹏架构openEuler 20.03上成功运行。
实验过程
1.申请和配置ECS
根据后续实验需求，需要8vCPUs和16GiB内存的服务器，且需要使用鲲鹏架构的openEuler操作系统。因此可以在华为云官网申请弹性云服务器（ECS）。具体申请方法和过程可参考华为云ECS文档，需要注意选择按需计费的计费方式即可。
2.安装鲲鹏代码迁移工具
具体安装和使用方法见鲲鹏代码迁移工具用户指南，本实验选择鲲鹏服务器版本下载并安装web模式。
3.其他准备工作
服务器应安装Git 2.12以上、GCC 7.1以上和Java 1.8.0以上的版本，否则在后续实验中将会出现版本过低的报错。
4.使用鲲鹏代码迁移工具初步分析
将Canu源码克隆至服务器并修改目录属组：
将目录上传至鲲鹏代码迁移工具，选择目标操作系统为openEuler 20.03，编译器为GCC 7.3.0，开始进行分析。分析报告如下： 
两个与架构相关的依赖文件我们最后判断是否需要单独获取，先对源码文件进行修改。
首先查看Makefile文件，会发现CXXFLAGS += fopenmp -pthread -fPIC -m64 -Wno-format这行标红，根据建议需要将-m64更改为-mabi=lp64，这是因为鲲鹏架构作为AArch64架构，其代码格式为LP64，即long类型为64位，而int和short为32位和16位，从而不支持-m64所指定的64位目标代码。
对于其他文件，我们将在命令行进行编译尝试，对报错所在文件进行针对性修改。
5.尝试编译
尝试编译出现以下错误： 
结合鲲鹏代码迁移工具分析，在cpuid.c文件中，首先添加：
在鲲鹏代码迁移工具web模式的安装目录下，进入portadv/tools/inline_asm/config/这一目录，有一个KunpengTrans.h文件，将其复制到cpuid.c所在目录。
将# include <immintrin.h>改为:
从https://gitee.com/openeuler/AvxToNeon 获取AvxToNeon项目文件，全部复制到cpuid.c所在目录。
接下来看命令行所报的3处错误。
第一个报错： 
此处涉及内联汇编代码，x86汇编指令不适用于鲲鹏，因此将：
修改为：
第二个和第三个报错： 
这两段代码应全部修改，因为原本是检查CPU是否支持AVX指令集的YMM和ZMM向量寄存器，但鲲鹏架构不使用AVX指令集，此处可以改为判断是否支持Neon和VFP特性：
修改完cpuid.c，再次尝试编译，出现了另一错误： 
实际这样缺少文件的情况有许多，均为C++的Boost库文件缺少，甚至出现多处宏定义无法识别的情况： 
因此在官方下载完整的Boost库：
将Canu中的boost目录整个替换为官方Boost库（此处/op/web/是我的鲲鹏代码迁移工具安装路径，可根据自己所安装路径修改）：
再次编译，会发现Canu编译成功。
6.运行
运行实例：
yeast_filtered.20x.fastq.gz是一组有关酵母菌的基因组测序数据。如果在使用curl命令获取测序数据yeast_filtered.20x.fastq.gz时非常缓慢，可以从本地浏览器进入链接，将文件下载至本地再传到云服务器中。
运行过程较长，需要一个多小时，最终完成组装测序数据时输出如下（输出较长，只展示最后部分）： 
说明运行成功，Canu已可以在鲲鹏架构正常运行。
'%3e%3c/path%3e%3c/g%3e%3c/g%3e%3c/svg%3e)
'%3e%3c/path%3e%3c/g%3e%3c/g%3e%3c/svg%3e)
简介
Canu是用于第三代测序数据（PacBio或Oxford Nanopore）组装的软件，其源码主要基于C语言和C++。具体源码在GitHub获取，或者也可在Gitee镜像仓库获取: git clone https://github.com/marbl/canu.git 或 git clone https://gitee.com/mirrors/Canu.git
本实验将对Canu源码进行修改和验证，使其能够在鲲鹏架构openEuler 20.03上成功运行。
实验过程
1.申请和配置ECS
根据后续实验需求，需要8vCPUs和16GiB内存的服务器，且需要使用鲲鹏架构的openEuler操作系统。因此可以在华为云官网申请弹性云服务器（ECS）。具体申请方法和过程可参考华为云ECS文档，需要注意选择按需计费的计费方式即可。
2.安装鲲鹏代码迁移工具
具体安装和使用方法见鲲鹏代码迁移工具用户指南，本实验选择鲲鹏服务器版本下载并安装web模式。
3.其他准备工作
服务器应安装Git 2.12以上、GCC 7.1以上和Java 1.8.0以上的版本，否则在后续实验中将会出现版本过低的报错。
4.使用鲲鹏代码迁移工具初步分析
将Canu源码克隆至服务器并修改目录属组：
将目录上传至鲲鹏代码迁移工具，选择目标操作系统为openEuler 20.03，编译器为GCC 7.3.0，开始进行分析。分析报告如下：
两个与架构相关的依赖文件我们最后判断是否需要单独获取，先对源码文件进行修改。
首先查看Makefile文件，会发现CXXFLAGS += fopenmp -pthread -fPIC -m64 -Wno-format这行标红，根据建议需要将-m64更改为-mabi=lp64，这是因为鲲鹏架构作为AArch64架构，其代码格式为LP64，即long类型为64位，而int和short为32位和16位，从而不支持-m64所指定的64位目标代码。
对于其他文件，我们将在命令行进行编译尝试，对报错所在文件进行针对性修改。
5.尝试编译
尝试编译出现以下错误：
结合鲲鹏代码迁移工具分析，在cpuid.c文件中，首先添加：
在鲲鹏代码迁移工具web模式的安装目录下，进入portadv/tools/inline_asm/config/这一目录，有一个KunpengTrans.h文件，将其复制到cpuid.c所在目录。
将# include <immintrin.h>改为:
从https://gitee.com/openeuler/AvxToNeon 获取AvxToNeon项目文件，全部复制到cpuid.c所在目录。
接下来看命令行所报的3处错误。
第一个报错：
此处涉及内联汇编代码，x86汇编指令不适用于鲲鹏，因此将：
修改为：
第二个和第三个报错：
这两段代码应全部修改，因为原本是检查CPU是否支持AVX指令集的YMM和ZMM向量寄存器，但鲲鹏架构不使用AVX指令集，此处可以改为判断是否支持Neon和VFP特性：
#include <stdint.h> static int check_neon_feature() { uint64_t reg; asm("mrs %0, id_aa64pfr0_el1" : "=r" (reg)); return ((reg >> 20 & 0xF) != 0xF); } static int check_vfp_feature() { uint64_t reg; asm("mrs %0, id_aa64pfr0_el1" : "=r" (reg)); return ((reg >> 16 & 0xF) != 0xF); }修改完cpuid.c，再次尝试编译，出现了另一错误：
实际这样缺少文件的情况有许多，均为C++的Boost库文件缺少，甚至出现多处宏定义无法识别的情况：
因此在官方下载完整的Boost库：
将Canu中的boost目录整个替换为官方Boost库（此处/op/web/是我的鲲鹏代码迁移工具安装路径，可根据自己所安装路径修改）：
再次编译，会发现Canu编译成功。
6.运行
运行实例：
yeast_filtered.20x.fastq.gz是一组有关酵母菌的基因组测序数据。如果在使用curl命令获取测序数据yeast_filtered.20x.fastq.gz时非常缓慢，可以从本地浏览器进入链接，将文件下载至本地再传到云服务器中。
运行过程较长，需要一个多小时，最终完成组装测序数据时输出如下（输出较长，只展示最后部分）：
说明运行成功，Canu已可以在鲲鹏架构正常运行。