一、软件介绍

Smartie-sv 可查询重叠群与参考基因组进行比对，并调用结构变异。

软件语言：python、c++

二、获取源码

cd /path/to

git clone --recursive https://github.com/zeeev/smartie-sv.git

三、下载系统依赖

处理器：鲲鹏920系列

操作系统：openEuler 22.03 SP2

yum源：openEuler官方网络源

编译器：系统自带gcc10.3.1编译器

安装所需系统依赖：

yum install hdf5-devel xz-devel bzip2-devel gcc gcc-c++ curl-devel

四、编译步骤

4.1 进入软件目录smartie-sv，修改Makefile

cd /path/to/smartie-sv

vim Makefile

将blasr改成blasrmc

将sawriter改成sawritermc

4.2 进入blasr目录，修改common.mk

cd /path/to/smartie-sv/src/blasr

vim common.mk

修改HDF5INCLUDEDIR和HDF5LIBDIR

4.3 进入print_gaps，修改Makefile

cd /path/to/smartie-sv/src/print_gaps

vim Makefile

加入-lcurl -llzma -lbz2

4.4 编译安装smartie-sv

make all -j

4.5 安装依赖bedtools和snakemake

下载anaconda3：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2023.03-1-Linux-aarch64.sh

sh Anaconda3-2023.03-1-Linux-aarch64.sh

无需修改，一直下一步，默认安装在/root/anaconda3

source /home/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh

conda create -n smartie-sv

conda activate smartie-sv

conda install bedtools snakemake -c bioconda -c conda-forge

五、验证与测试

修改config.json

vim /path/to/smartie-sv/pipeline/config.json

cd /path/to/smartie-sv/pipeline

time -p snakemake -s Snakefile -w 50  -p -k -j 20

一、软件介绍

二、获取源码

三、下载系统依赖

四、编译步骤

4.1 进入软件目录smartie-sv，修改Makefile

4.2 进入blasr目录，修改common.mk

4.3 进入print_gaps，修改Makefile

4.4 编译安装smartie-sv

4.5 安装依赖bedtools和snakemake

五、验证与测试

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