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【鲲鹏HPC应用移植】RNAFramework移植指南
【鲲鹏HPC应用移植】RNAFramework移植指南
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发表于2024/10/24
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所需软件

项目版本获取方式
OpenJDK1.8.0yum安装
GCC7.3.0yum安装
perl5安装包
python3.8安装包
bowtie1.3.1安装包
bowtie22.5.4安装包
samtools1.20安装包
bedtools2.31.1安装包
cutadap4.9pip
RNAalifold2.6.4安装包

1 安装yum包依赖

$ yum install gcc-c++ -y
$ yum isntall open-jdk8

2. 安装perl

$ wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.40.0.tar.gz
$ tar -zxvf  perl-5.40.0.tar.gz
$ cd perl-5.40.0
$ ./Configure
一直回车
$ make
$ make install

3. 安装pip

$ yum insatll -y python3-pip

4. 安装bowtie

# 获取安装包 下载 aarch64版本
$ https://github.com/BenLangmead/bowtie/releases
# 解压文件
$ unzip bowtie-1.3.1-linux-aarch64.zip 
# 设置环境变量
$ export PATH=$PATH:path to/bowtie-1.3.1-linux-aarch64
# 验证
$ bowtie –-version

5.安装bowtie2

# 获取安装包 下载 aarch64版本
https://github.com/BenLangmead/bowtie2/releases
# 解压文件
$ unzip bowtie2-2.5.4-linux-aarch64.zip
# 添加环境变量
$ export PATH=$PATH:path to/bowtie2-2.5.4-linux-aarch64
# 验证
$ bowtie2 –-version

6.安装 samtools

# 获取安装包 
https://github.com/samtools/samtools/releases
# 解压文件
$ tar jxvf samtools-1.20.tar.bz2 
# 安装
$ cd samtools-1.20
make && make install
# 验证
$ samtools -–version

7.安装debtools

# 获取安装包 
https://github.com/arq5x/bedtools2/releases
# 解压文件
$ tar zxvf bedtools-2.31.1.tar.gz 
# 安装
$ cd bedtools-2.31.1
$ make && make install
# 验证
$ bedtools -–version

8.安装cutadap

# 安装
$ pip install cutadapt
# 验证
$ cutadapt --version

9.安装RNAalifold

# 下载源码
$ wget https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/download/sourcecode/2_6_x/ViennaRNA-2.6.4.tar.gz
# 解压
$ tar -zxvf ViennaRNA-2.6.4.tar.gz
# 安装
$ ./configure
$ make && make install
# 验证
$ RNAalifold --version

10.获取RNAFramework

git clone https://github.com/dincarnato/RNAFramework.git
cd RNAFramework
./rf-map

镜像获取 docker push swr.cn-east-3.myhuaweicloud.com/hpc/rnaframework:latest

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