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$ yum install gcc-c++ -y $ yum isntall open-jdk8
$ wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.40.0.tar.gz $ tar -zxvf perl-5.40.0.tar.gz $ cd perl-5.40.0 $ ./Configure 一直回车 $ make $ make install
$ yum insatll -y python3-pip
# 获取安装包 下载 aarch64版本 $ https://github.com/BenLangmead/bowtie/releases # 解压文件 $ unzip bowtie-1.3.1-linux-aarch64.zip # 设置环境变量 $ export PATH=$PATH:path to/bowtie-1.3.1-linux-aarch64 # 验证 $ bowtie –-version
# 获取安装包 下载 aarch64版本 https://github.com/BenLangmead/bowtie2/releases # 解压文件 $ unzip bowtie2-2.5.4-linux-aarch64.zip # 添加环境变量 $ export PATH=$PATH:path to/bowtie2-2.5.4-linux-aarch64 # 验证 $ bowtie2 –-version
# 获取安装包 https://github.com/samtools/samtools/releases # 解压文件 $ tar jxvf samtools-1.20.tar.bz2 # 安装 $ cd samtools-1.20 make && make install # 验证 $ samtools -–version
# 获取安装包 https://github.com/arq5x/bedtools2/releases # 解压文件 $ tar zxvf bedtools-2.31.1.tar.gz # 安装 $ cd bedtools-2.31.1 $ make && make install # 验证 $ bedtools -–version
# 安装 $ pip install cutadapt # 验证 $ cutadapt --version
# 下载源码 $ wget https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/download/sourcecode/2_6_x/ViennaRNA-2.6.4.tar.gz # 解压 $ tar -zxvf ViennaRNA-2.6.4.tar.gz # 安装 $ ./configure $ make && make install # 验证 $ RNAalifold --version
git clone https://github.com/dincarnato/RNAFramework.git cd RNAFramework ./rf-map
镜像获取 docker push swr.cn-east-3.myhuaweicloud.com/hpc/rnaframework:latest
所需软件
1 安装yum包依赖
2. 安装perl
3. 安装pip
4. 安装bowtie
5.安装bowtie2
6.安装 samtools
7.安装debtools
8.安装cutadap
9.安装RNAalifold
10.获取RNAFramework
镜像获取 docker push swr.cn-east-3.myhuaweicloud.com/hpc/rnaframework:latest