环境要求

硬件信息

项目	说明
CPU	Kunpeng920

软件信息

项目	版本	下载地址
OpenJDK	1.8.0	yum 安装
GCC	7.3.0	yum 安装
Python	3.7.9	安装包
libffi-devel	3.3-8.oe1	yum 安装

操作系统信息

项目	版本
Kylin	V10 SP3
Kernel	4.19.90-24.4.v2101.ky10.aarch64

安装bcl2fastq2

1.1 安装依赖

pip3 install tensorflow --no-dependencies

yum install -y gcc python3-devel

yum -y install zlib zlib-devel libffi-devel

1.2 获取源码

git clone https://github.com/brwnj/bcl2fastq.git

1.3 安装

cd bcl2fastq

pip3.9 install matplotlib==3.4.3 -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --no-deps

pip3.9 install click -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --no-deps

pip3.9 install pandas -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --no-deps

pip3.9 install pytz -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --no-deps

pip3.9 install seaborn -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --no-deps

python3 steup.py develop --no-deps -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/

1.4 验证

bcl_to_fastq

python3

import bcl2fastq

2 FAQ

2.1 python3.7.9安装：

# 下载安装包

cd /path/to/Python3

wget https://www.python.org/ftp/python/3.7.8/Python-3.7.9.tar.xz

# 解压

tar xvf Python-3.9.8.tar.xz

# 下载安装依赖

yum -y install zlib-devel bzip2-devel openssl-devel ncurses-devel sqlite-devel readline-devel tk-devel gdbm-devel db4-devel libpcap-devel xz-devel

# 编译源文件

cd Python-3.7.9

./configure --prefix=/path/to/Python-3.7.9-install

make

make install

# 添加环境变量

export PATH=/path/to/Python-3.9.8-install/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/Python-3.9.8-install/lib:$LD_LIBRARY_PATH

2.2 安装tensorflow版本报错：

解决方法：添加--no-dependencies参数

2.3 python依赖下载过慢：

解决方法：使用国内的镜像源。