VarScan2 鲲鹏适配

简介

• VarScan是华盛顿大学基因组研究所开发的用于检测NGS数据中变体的软件工具。VarScan采用可靠的启发式/统计方法来满足读取深度，碱基质量，变异等位基因频率和统计显着性所需阈值的变异。
• VarScan2官方网站

样机配置

• CPU

  鲲鹏920

• 系统

  openEuler 20.03 (LTS)

• 内核

  4.19.90-2003.4.0.0036.oe1.aarch64

路径规划

下载

• Samtools : 1.10

  详见

• VarScan : 2.4.4

  cd $root/APP && wget https://codeload.github.com/dkoboldt/varscan/tar.gz/2.4.2 -O varscan-2.4.2.tar.gz
  复制

基础环境依赖

• 详见

部署

• 依赖

  yum install ncurses-devel.aarch64 bzip2-devel.aarch64 xz-devel.aarch64 java-1.8.0-openjdk-devel.aarch64 -y
  复制

• 解压 varscan 压缩包

  cd $root/APP && tar  -xvf varscan-2.4.2.tar.gz && cd varscan-2.4.2
  复制

• 验证

  java -jar VarScan.v2.4.2.jar