一、软件介绍：

altree：执行基于系统发育分析的程序

开发语言：Perl、C

源码地址：https://github.com/vdanjean/ALTree/archive/refs/tags/v1.3.1.tar.gz

二、安装步骤：

1、依赖安装：

yum install perl perl-devel perl-CPAN gsl-devel gsl blas-devel

cpan -i Test::Deep

2、tamu_anova安装：

cd /path/to/tamu_anova

wget http://deb.debian.org/debian/pool/main/t/tamuanova/tamuanova_0.2.orig.tar.gz

tar xf tamuanova_0.2.orig.tar.gz

cd tamu_anova-0.2

./configure --prefix=/path/to/tamu_anova --build=aarch64-unknown-linux-gnu

make

make install

3、Math-TamuAnova安装：

cd /path/to/Math-TamuAnova

wget http://deb.debian.org/debian/pool/main/libm/libmath-tamuanova-perl/libmath-tamuanova-perl_1.0.2.orig.tar.gz

tar xf libmath-tamuanova-perl_1.0.2.orig.tar.gz

cd Math-TamuAnova-1.0.2

sed -i "6s%tamu_anova/tamu_anova.h%/path/to/tamu_anova/include/tamu_anova/tamu_anova.h%g" Makefile.PL

sed -i "21s%-ltamuanova -lblas%/path/to/tamu_anova/tamu_anova-0.2 -ltamuanova -lgsl -lgslcblas%g" Makefile.PL

sed -i "23s%-I.%-I. -I/path/to/tamu_anova/include%g" Makefile.PL

perl Makefile.PL

make

make install

4、altree安装：

cd /path/to/altree

wget https://github.com/vdanjean/ALTree/archive/refs/tags/v1.3.1.tar.gz

tar xf v1.3.1.tar.gz

cd ALTree-1.3.1

sed -i "10c use sort 'stable';" ALTree/SitePerForet.pm

sed -i "12s/-lcblas/-lgslcblas/g" CUtils/Makefile.PL

perl Makefile.PL

make

make test

make install

5、软件验证：

altree -h

​

三、故障排查

1、安装altree时，提示No library found for -lgsl和No library found for -lcblas

解决方案：使用yum安装gsl库和blas库，同时将cblas库改成gslcblas库

yum install gsl-devel gsl blas-devel

sed -i "12s/-lcblas/-lgslcblas/g" CUtils/Makefile.PL

2、修改完perl配置文件后，继续make→make test，提示报错Can't locate Test/Deep.pm in @INC

解决方案：使用cpan安装对应的perl模块

cpan -i Test::Deep

3、重新执行make test安装，提示报错sort: unknown subpragma '_quicksort' 

解决方案：经查询，本环境采用的perl版本是5.28.0，use sort '_quicksort';该函数不在5.28版本，5.28的正确函数写法是use sort 'stable;

所以，修改perl模块文件。

sed -i "10c use sort 'stable';" ALTree/SitePerForet.pm

4、此时再次make test已成功，继续执行make install，已安装成功。但在执行二进制altree时提示缺少Math::TamuAnova模块

解决方案：参考解决方案2采用cpan -i安装模块，但始终无法安装下来

原因是Math-TamuAnova-1.0.2.tar.gz中缺少部分依赖，此时只能采用源码安装，参考二、安装步骤中的3、Math-TamuAnova安装，在安装时，仍然会提示部分报错，需要安装tamu_anova，同时链接上include中的头文件，具体的安装步骤参考上文，当安装好Math::TamuAnova模块后，执行二进制altree已成功！