一、软件介绍
scCapsNet-mask:scCapsNet 的更新版本,在与 scRNA-seq 数据相关的功能分析中具有扩展的适用性
二、软件语言
python
三、获取源码
https://github.com/wanglf19/scCapsNet_mask/archive/refs/heads/master.zip
下载scCapsNet_mask-master.zip。放到目录/path/to下
四、系统环境
处理器:鲲鹏920系列
操作系统:openEuler 22.03 SP2
yum源:openEuler官方网络源
编译器:python3.7.16
五、编译步骤
5.1 安装anaconda3
下载anaconda3:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2023.03-1-Linux-aarch64.sh
无需修改,一直下一步,默认安装在/root/anaconda3(本文安装在/home目录下)
5.2 创建虚拟环境,安装python3.7.16
5.3 安装scCapsNet_mask所需依赖
5.4 修改keras部分代码
大约550行、1006行、1010行左右,分别是:
如下图:


六、验证与测试
运行结束时提示Plotting and saving......
弹出2个窗口生成2张图Figure_1.png、Figure_2.png,可手动保存。


同理,运行结束时提示Plotting and saving......
弹出2个窗口生成2张图Figure_1.png、Figure_2.png,可手动保存。


并在当前目录下的results文件夹内生成2个文件training_n8_r30_dim16_e10_b400_.weight和training_n15_r30_dim32_e15_b400_.weight
一、软件介绍
scCapsNet-mask:scCapsNet 的更新版本,在与 scRNA-seq 数据相关的功能分析中具有扩展的适用性
二、软件语言
python
三、获取源码
https://github.com/wanglf19/scCapsNet_mask/archive/refs/heads/master.zip
下载scCapsNet_mask-master.zip。放到目录/path/to下
四、系统环境
处理器:鲲鹏920系列
操作系统:openEuler 22.03 SP2
yum源:openEuler官方网络源
编译器:python3.7.16
五、编译步骤
5.1 安装anaconda3
下载anaconda3:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2023.03-1-Linux-aarch64.sh
无需修改,一直下一步,默认安装在/root/anaconda3(本文安装在/home目录下)
5.2 创建虚拟环境,安装python3.7.16
5.3 安装scCapsNet_mask所需依赖
5.4 修改keras部分代码
大约550行、1006行、1010行左右,分别是:
data = [n if isinstance(n, str) else n.decode('utf8') for n in group.attrs[name]]original_keras_version = f.attrs['keras_version'] if isinstance(f.attrs['keras_version'], str) else f.attrs['keras_version'].decode('utf8')original_backend = f.attrs['backend'] if isinstance(f.attrs['backend'], str) else f.attrs['backend'].decode('utf8')如下图:
六、验证与测试
运行结束时提示Plotting and saving......
弹出2个窗口生成2张图Figure_1.png、Figure_2.png,可手动保存。
同理,运行结束时提示Plotting and saving......
弹出2个窗口生成2张图Figure_1.png、Figure_2.png,可手动保存。
并在当前目录下的results文件夹内生成2个文件training_n8_r30_dim16_e10_b400_.weight和training_n15_r30_dim32_e15_b400_.weight