1 介绍

PanPhlAn提供了一种鉴定，跟踪和系统发育来自宏基因组的单个菌株的方法。它使用系统发育基因组学，或在宏基因组集合中跨菌株存在/缺失基因的共存。

建议的版本

建议使用版本为“panphlan-3.1”。

2 环境信息

• 硬件信息如下：

• 软件信息如下：

3 安装依赖库

.     安装python3依赖

pip3 install numpy

pip3 install scipy

pip3 install pandas

2.     安装Bowtie2 2.41

下载Bowtie2安装包“bowtie2-2.4.1-source.zip”。

下载地址：https://jaist.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.4.1/bowtie2-2.4.1-source.zip

具体编译安装参考如下链接：

https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpcs/kunpengbowtie2_02_0002.html

3.     安装samtools1.11

下载地址：

https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/1.11/samtools-1.11.tar.bz2

具体安装步骤参考如下链接：

https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpcs/kunpenganator_02_0007.html

4 获取源码

下载源码

下载链接：https://github.com/SegataLab/panphlan

1. 解压

tar –zxvf panphlan-3.1.tar.gz

5 运行和验证

5.1 下载下载宏基因组样本

wget https://www.dropbox.com/s/oi26jg0v7ktlavc/panphlan_tutorial_samples.tar.bz2

tar -xvjf panphlan_tutorial_samples.tar.bz2

5.2 下载参考基因组

python3 panphlan_download_pangenome.py -i Eubacterium_rectale

5.3 将样本映射到泛基因组

mkdir map_results/

python3 panphlan_map.py -i samples_fastq/CCMD34381688ST-21-0.fastq --indexes Eubacterium_rectale/Eubacterium_rectale   -p Eubacterium_rectale/Eubacterium_rectale_pangenome.tsv -o map_results/CCMD34381688ST-21-0_erectale.tsv

输出如下内容代表成功：

5.4 分析菌株

python3 panphlan_profiling.py -i map_results --o_matrix result_profile_erectale.tsv  -p Eubacterium_rectale/Eubacterium_rectale_pangenome.tsv   --add_ref

输出如下内容代表成功：

可查看生成的结果文件：