编译安装PyRosetta
发表于 2025/10/22
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作者 | 丁浩源
介绍
Rosetta是一款在生物信息学和蛋白质科学领域备受推崇的软件包，专门用于蛋白质结构预测和蛋白质设计，而PyRosetta则是Rosetta的Python接口。目前官方网站提供的直接下载链接中，支持aarch64架构的版本仅限于Python 3.9和3.10。若需使用其他Python版本，需要自行下载源码进行编译。
编译安装
安装编译环境
安装编译环境，需准备Conda、Python、Ninja以及CMake。
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安装Conda，详见Conda安装教程。
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通过Conda安装Ninja，Ninja的安装教程可以查看Rosetta的源码README。
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安装CMake，详见CMake安装教程。
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安装完成上述环境之后，使用Conda新增一个Python环境，例如Python 3.7版本，环境名可自定义。
conda create -n 环境名 python=3.7
#激活版本
conda activate py37
安装PyRosetta
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编译安装PyRosetta。
cd source/src/python/PyRosetta
python3 build.py -j24 --create-package $HOME/my_pyrosetta_package
cd $HOME/my_pyrosetta_package/setup
python3 setup.py install
若执行第二步出现“Cmake is not able to find Python-libraries”报错，请参考2-编译过程中出现Cmake is not able to find Python-libraries的解决方法进行处理。
安装完成之后，可以看到如下打印日志：
可以看到指定目录的rosetta.so为Arm版本。
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导入PyRosetta库。
import pyrosetta
编译过程中出现Cmake is not able to find Python-libraries的解决方法
问题现象描述
编译安装PyRosetta过程中出现“Cmake is not able to find Python-libraries”。
关键过程、根本原因分析
通过查看Rosetta源码发现，rosetta.cmake文件使用了${PYTHON_LIBRARY}、${PYTHON_INCLUDE_DIR}这两个变量，这两个变量的值是由build.py中传入的，与以下参数相关，且build.py调用CMake：
--python-include-dir
--python-lib
如果没有传入--python-include-dir和--python-lib，可能会提示CMake找不到Python的lib和so文件。
结论、解决方案及效果
修改编译命令为：
python3 build.py -j8 --create-package /root/demo/my_pyrosetta_package --python-include-dir /root/anaconda3/envs/py37/include/python3.7m --python-lib /root/anaconda3/envs/py37/lib/libpython3.7m.so.1.0
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--python-include-dir：Python的include地址，存放.h文件，其中就包括Python.h。
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--python-lib：Python的SO文件地址。
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-j：官网为24，若系统内存小于32GB，建议使用-j4或者-j8。