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使用DevKit工具迁移开源软件SmartDenovo

使用DevKit工具迁移开源软件SmartDenovo

DevKit软件迁移

发表于 2025/12/05

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背景介绍

SmartDenovo是一个同时适用于PacBio和Nanopore测序数据的denovo组装软件，它是一款基于C语言开发的开源软件。相较于其他组装软件（如：Canu、Falcon），SmartDenovo组装可从raw reads开始，不需要经过error correction纠错过程。经初步组装后，SmartDenovo还提供了工具对初始组装的contig进行polish，生成consensus，也可以使用其他consensus polish工具来纠错。

本实践使用鲲鹏DevKit中的迁移工具进行源码迁移，帮助用户实现软件源码迁移至鲲鹏平台。覆盖了前期分析、中期修改和后期编译、重构、验证的过程，用户在其他软件的迁移中，可以参考本实践的思路和操作过程进行操作。

语言：C；开源协议：GPL-3.0 License

软件要求如下：

软件要求
项目 版本
开源软件SmartDenovo smartdenovo-master https://github.com/ruanjue/smartdenovo

硬件要求如下：

x86平台环境
项目 说明
服务器 x86虚拟机（KVM）环境
CPU Intel Xeon Processor (Skylake， IBRS) 2.1GHz
OS CentOS 7.6/openEuler 20.03-LTS-SP1/openEuler 22.03
GCC版本 • CentOS 7.6：GCC 4.8.5
• openEuler 20.03-LTS-SP1：GCC 7.3.0
• openEuler 22.03：GCC 10.3.1
安装的工具 鲲鹏DevKit
鲲鹏平台环境
项目 说明
服务器 鲲鹏服务器
CPU 鲲鹏920处理器
OS CentOS 7.6/openEuler 20.03-LTS-SP1/openEuler 22.03
GCC版本 • CentOS 7.6：GCC 4.8.5
• openEuler 20.03-LTS-SP1：GCC 7.3.0
• openEuler 22.03：GCC 10.3.1
安装的工具 鲲鹏DevKit

执行源码迁移

扫描源代码

  • 从GitHub下载获取待使用的软件源码包smartdenovo-master.zip。
  • 打开鲲鹏DevKit插件并登录鲲鹏DevKit工具，在左侧选择“源码迁移”进行扫描分析。上传smartdenovo-master文件夹压缩包，其它几个选项根据实际情况进行选择，如所示。

  • 单击“开始迁移”，进行分析并得到扫描分析报告，如图 迁移报告所示。

从图 迁移报告提供的依赖库信息看，该源码包不依赖于基本环境（OS环境基本的安装依赖，如Glibc等）外的其它依赖文件。

修改源代码

  • 单击源码迁移报告中“需要迁移的源码文件”右侧相应文件的“查看建议源码”页签，如图所示。

  • 选择“需要迁移的源码文件”中不同的源码文件进行操作，即可切换至对应源码文件的迁移建议页面，如图所示。

  • 根据迁移报告，确认有两个文件需要修改。在“源码迁移建议”页面，检查每个文件的修改建议，并根据建议进行源代码修改，主要执行两个动作：
  1. 根据“需要迁移的源码文件”中Makefile文件内显示红色波浪线提示的内容，修改Makefile文件。
  2. 根据“需要迁移的源码文件”中ksw.c文件内显示红色波浪线提示的内容，修改ksw.c文件。
  • 在“源码迁移建议”页面，查看Makefile文件的修改建议，如图所示。

具体建议内容如下图所示。

  • 根据以上建议，Makefile文件中需要给CFLAGS变量增加选项内容“-march=armv8.2-a -fsigned-char”，同时，还需要删除CFLAGS变量中的选项“-mpopcnt”和“-msse3”。获取并安装鲲鹏系统库（BoostKit-ksl_2.3.1.zip）后，在GLIBS变量中添加“-I /usr/local/ksl/include/ -L /usr/local/ksl/lib/ -lavx2ki”。 修改后的代码（修改时进行了x86_64分支和aarch64分支的区分处理），如图所示。

  • 修改ksw.c文件，在“源码迁移建议”页面，查看ksw.c文件的修改建议，如图所示。

这种提示都是关于intrinsic函数使用方面的内容。根据提供的建议，单击“QuickFix”增加‘#include "avx2ki.h"’到ksw.c文件中，并针对x86和aarch64分别设置头文件包含的分支定义，以确保在代码同时适配x86和aarch64两种架构的情况下完成代码的修改，如下方回显内容所示（以编辑器版本GCC 4.8.5为例）。

1    #if defined(__aarch64__)
2       #include "avx2ki.h"
3    #endif
...
31   #if defined(__x86_64__)
32      #include <emmintrin.h>
33   #endif

运行验证

  • 进入源码所在目录，执行以下命令，完成编译动作，如图所示。若编译失败请参考源码编译失败。
make clean && make
  • 编译成功后，可以执行以下命令执行安装，并检查安装结果，如图所示。
make install

以上表明，SmartDenovo已编译安装到鲲鹏平台上。

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