1. Bioconda及biconductor的介绍

1.1 Bioconda介绍

Bioconda 是一个专注于生物信息学软件的开源包管理系统，它基于Conda环境，为用户提供了一个便捷的方式来安装和管理各种生物信息学工具。Bioconda极大地简化了这些工具在不同操作系统（Linux和macOS）上的安装过程，解决了依赖关系问题，并确保了工具之间的兼容性。Bioconda社区维护着一个庞大的生物信息学软件库，这些软件被组织成不同的通道，用户可以通过简单的命令来安装所需的软件包。此外，Bioconda还鼓励贡献者提交新的或更新现有的软件包，以促进科学软件的可访问性和可持续性。

1.2 Bioconductor介绍

Bioconductor 是一个针对生物医学研究的开源软件项目，主要用于分析高通量基因组数据。该项目提供了一系列基于R语言开发的软件包、工作流以及注释数据集，旨在支持从原始数据处理到复杂统计分析等广泛的生物信息学任务。

Bioconductor最初于2001年发布，致力于与学术界紧密合作，推动基因组学数据分析方法的发展和传播。其资源广泛应用于基因表达分析、序列分析、基因组注释等领域，是生物信息学家和遗传学家的重要工具箱之一。

两者虽然服务于生物信息学的不同方面——Bioconda侧重于软件的获取和管理，而Bioconductor则更注重于提供具体的数据分析解决方案——但它们都极大促进了生物信息学领域的发展，帮助研究人员更高效地进行科学研究。

1.3 查看Bioconda社区软件适配清单

在社区搜索对应软件名称，以genform软件举例：

2. Anaconda的安装

2.1 Anaconda安装 (ARM)

1.获取Anaconda安装脚本

wget --user-agent="Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; WOW64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/51.0.2704.103 Safari/537.36" https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2024.06-1-Linux-aarch64.sh

2.执行安装脚本 ， 注意：安装过程的交互要选yes

bash ./Anaconda3-2023.09-0-Linux-aarch64.sh

3.加载环境

source ~/.bashrc

4.验证，返回版本号即安装成功，不用执行第5步骤

(base) [root@ ~]# conda --version
conda 23.7.4

5.如果source ~/.bashrc执行失败,conda --version没有返回值可以尝试直接创建软连接

cd /usr/bin/
ln -s /root/anaconda3/bin/conda conda

2. 2 环境配置

注意：必须执行, 否则conda build .等构建安装命令大概率失败

1.conda 添加channel, 使得在bioconda和conda-forge仓库的软件和本地构建的软件都能找到

conda config --add channels https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-aarch64
conda config --add channels https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch
conda config --add channels https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-aarch64
conda config --add channels https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
conda config --add channels file:///root/anaconda3/conda-bld

2.修改配置文件内容: vim ~/.condarc

channels:
   - conda-forge
   - bioconda
   - defaults
   - conda-bld
custom_channels:
    conda-bld: file:///root/anaconda3
report_errors: true
channel_priority: strict

3. Bioconda软件本地构建和测试

3.1 获取bioconda软件包资源

1. 先到github网站fork一下这个仓库: https://github.com/bioconda/bioconda-recipes

2. 然后在申请的服务器上执行git clone 你fork的仓库地址

3. clone后的目录下应该有以下内容, 其中需要适配的软件都在recipes目录下

3.2 本地构建软件

1.以 genform 软件适配为例(一般有一个构建脚本build.sh和一个配置文件meta.yaml)

2. meta.yaml 解析

package: #定义包的基本信息
    name: genform
    version: {{ version }}
source: #指定源代码位置
    url：https://depot.galaxyproject.org/software/genform/genform_r8_src_all.zip
    sha256: {{ sha256 }}
build: #定义构建时的相关信息
    number: 8
    skip: True  # [osx]
    run_exports: # run_exports这个要配置上, 不然提交可能check不通过
        - {{ pin_subpackage(name, max_pin=None) }}
requirements: #定义依赖关系
    build:
        - {{ compiler('cxx') }}

test: #测试指令
    commands:
        - 'echo -e "132.07686\t147049184\n133.08012\t4004960.8" > CreatineMs.txt && genform ms=CreatineMs.txt'

about:
    home: "https://sourceforge.net/projects/genform"
    license: "GPL-2.0-only"
    license_family: GPL
    license_file: "src/lgpl-2.0.txt" 
    summary: "Generation of molecular formulas by high-resolution MS and MS/MS data.“

# 一般我们要加这个extra配置,指示aarch64架构也支持,但是如果在build下已经指示是noarch了,就不要加这个了
extra:
     additional-platforms:
        - linux-aarch64

3.获取meta.yaml文件

通常，我们在biconda-recipes仓库中，通过cd recipes/软件名等获取该软件资源，但有的软件可能已经被移出git仓库，这个时候不要慌。我们去这个官仓去搜一下，找到对应的软件下载bz2包，解压后可以得到。在recipes目录下，mkdir gclib && cd gclib, 然后将以上文件除conda_build_config.yaml和meta.yaml文件复制过来，执行mv meta.yaml.template meta.yaml,然后就可以按照正常的流程去适配了。

4. 本地构建

通过vim meta.yaml进行一系列操作后，就可以执行conda build .进行构建了。

# 一般有下面这个结果就表示build成功

如果构建成功则进行验证

通过 conda create –n genform_env genform –use-local –y 把刚刚构建好的包安装到新创建的环境genform_env中去。

执行conda activate genform_env 激活创建的环境

执行conda list | grep “genform”可以查看已经安装好的genform

conda create –n genform_env genform –use-local –y
conda activate genform_env
onda list | grep “genform”

5.本地测试

找到meta.yaml里test下的command复制命令,在当前安装了genform软件的环境下执行。