安装HIO桥接目标库

HIO通过桥接目标库来实现应用加速，目前支持加速的应用如表1所示。为了确保实现HIO加速应用，请按照表1选择安装应用运行所需的HIO桥接目标库。
表1 应用版本和目标库映射关系

应用名称

版本

HIO桥接目标库

WRF

4.2.2版本

libpnetcdf.so

NEMO

版本30Nov20

libnetcdf.so

Grapes

CMA_GFS_3.3版本3.3

CMA_MESO版本5.1

libmpi.so

LAMMPS

4.2版本

libhdf5.so或libpnetcdf.so

QE

6.4.1版本

libhdf5.so

安装libhdf5.so

  1. 下载hdf5源码压缩包hdf5-1.12.3.tar.gz。
  2. 使用SFTP工具将hdf5-1.12.3.tar.gz上传服务器，执行以下命令解压。

    tar zxf hdf5-1.12.3.tar.gz

  3. 编译安装。

    1. 执行以下命令进入hdf5源码目录并创建build目录。

      cd hdf5-1.12.3

      mkdir build

    2. 执行配置操作。

      cd build

      ../configure --prefix=/path/to/hdf5-install

      • /path/to/hdf5-install表示libhdf5.so的安装目录，建议与2中的目录区分开。
      • 批量安装桥接目标库时，安装目录请参见《Kunpeng HPC Solution 24.0.RC2 LLD模板》中“项目基本信息 > 共享存储目录规划 > HPCKit安装目录”。
    3. 执行以下命令编译。

      make -j

    4. 执行以下命令安装。

      make install

  4. 执行以下命令检查安装目录确认是否包含hdf5动态库。

    ls /path/to/hdf5-install/lib

    回显如下说明安装目录下已经存在hdf5动态库，表示安装成功。

    libhdf5.a  libhdf5_hl.a  libhdf5_hl.la  libhdf5_hl.so  libhdf5_hl.so.200  libhdf5_hl.so.200.1.1  libhdf5.la  libhdf5.settings  libhdf5.so  libhdf5.so.200  libhdf5.so.200.3.0

安装libnetcdf.so

  1. 下载Netcdf源码压缩包netcdf-c-4.9.2.tar.gz。
  2. 使用SFTP工具将netcdf-c-4.9.2.tar.gz上传服务器，执行以下命令解压。

    tar zxf netcdf-c-4.9.2.tar.gz

  3. 编译安装。

    1. 执行以下命令进入NetCDF源码目录并创建build目录。

      cd netcdf-c-4.9.2

      mkdir build

    2. 执行配置操作。

      cd build

      ../configure --prefix=/path/to/netcdf-install

      • /path/to/netcdf-install表示libnetcdf.so的安装目录，建议与2中的目录区分开
      • 批量安装桥接目标库时，安装目录请参见《Kunpeng HPC Solution 24.0.RC2 LLD模板》中“项目基本信息 > 共享存储目录规划 > HPCKit安装目录”。
    3. 执行以下命令编译。

      make -j

    4. 执行以下命令安装。

      make install

  4. 执行以下命令检查安装目录确认是否包含NetCDF动态库。

    ls /path/to/netcdf-install/lib

    回显如下说明安装目录下已经存在NetCDF相关动态库，表示安装成功。
    libnetcdf.a  libnetcdf.la  libnetcdf.settings  libnetcdf.so  libnetcdf.so.19  libnetcdf.so.19.2.2  pkgconfig

安装libpnetcdf.so

  1. 下载PnetCDF源码压缩包pnetcdf-1.12.1.tar.gz。
  2. 使用SFTP工具将pnetcdf-1.12.1.tar.gz上传服务器，执行以下命令解压。

    tar zxf pnetcdf-1.12.1.tar.gz

  3. 编译安装。

    1. 进入PnetCDF源码目录并创建build目录。

      cd pnetcdf-1.12.1

      mkdir build

    2. 执行配置操作。

      cd build

      export MPICC=/opt/HPCKit/latest/hmpi/gcc/hmpi/bin/mpicc

      ../configure --prefix=/path/to/pnetcdf-install --enable-shared

      • /path/to/pnetcdf-install表示libpnetcdf.so的安装目录，建议与2中的目录区分开。
      • /opt/HPCKit表示HPCKit安装目录。
      • 批量安装桥接目标库时，安装目录请参见《Kunpeng HPC Solution 24.0.RC2 LLD模板》中“项目基本信息 > 共享存储目录规划 > HPCKit安装目录”。
    3. 执行以下命令编译。

      make -j

    4. 执行以下命令安装。

      make install

  4. 执行以下命令检查安装目录确认是否包含PnetCDF动态库。

    ls /path/to/pnetcdf-install/lib

    回显如下说明安装目录下已经存在PnetCDF相关动态库，表示安装成功。
    libpnetcdf.a  libpnetcdf.la  libpnetcdf.so  libpnetcdf.so.4  libpnetcdf.so.4.0.1  pkgconfig

配置HIO桥目标接库的环境变量

  • 如果HIO桥接目标库在usr/lib64下已存在，则不用配置环境变量，其他情况都需要配置环境变量。
  • 如果多个桥接库不在同一目录下，需要对每个桥接库分别配置环境变量。
  • 以下通过为LD_LIBRARY_PATH配置libpnetcdf.so的环境变为例说明。
  • 用find命令查找HIO桥接目标库所在目录，将该目录配置到环境变量。
  • 仅对当前会话生效：

    export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/pnetcdf-install/lib:$LD_LIBRARY_PATH

  • 对当前用户生效：
    1. 执行以下命令，进入~/.bashrc文件。

      vim ~/.bashrc

    2. 按“i”进入编辑模式，在文件~/.bashrc末尾增加如下命令行。

      export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/pnetcdf-install/lib:$LD_LIBRARY_PATH

    3. 按“ESC”退出编辑模式，然后输入":wq!"保存并退出。

    4. 执行以下命令，使配置立即生效。

      source ~/.bashrc

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