源码安装Hyper MPI

前提条件

已完成以下依赖包的安装。
  • perl-Data-Dumper
  • autoconf
  • automake
  • libtool 2.4.2
  • GCC编译器9.3.0/毕昇编译器2.1.0

    安装GCC编译器9.3.0版本/毕昇编译器2.1.0版本前，需按如下顺序安装依赖：gmp-6.2.0.tar.bz2、mpfr-4.0.2.tar.bz2、mpc-1.1.0.tar.gz、isl-0.18.tar.bz2。

  • numactl
  • binutils
  • systemd-devel
  • valgrind

编译环境变量检查

  1. 使用PuTTY工具，以Hyper MPI安装维护用户，如“hmpi_master”登录作业执行节点。
  2. 执行以下命令，检查GCC 9.3.0/毕昇编译器2.1.0是否安装。

    • GCC 9.3.0

      gcc -v

      检查回显信息中是否包含GCC 9.3.0。

    • 毕昇编译器2.1.0

      clang -v

      检查回显信息中是否包含毕昇编译器，且版本号是否正确。

  3. 执行以下命令，检查libtool是否安装。

    libtool --version

    检查回显信息中是否包含libtool 2.4.2。

GCC编译Hyper MPI软件包

Hyper MPI包含Hyper MPI和HUCX两个软件层，其中Hyper MPI的安装依赖于HUCX，编译时应先编译HUCX。

毕昇编译Hyper MPI软件包

Hyper MPI包含Hyper MPI和HUCX两个软件层，其中Hyper MPI的安装依赖于HUCX，编译时应先编译HUCX。

配置环境变量

使用MPI的用户，需要配置环境变量，可通过environment-modules工具方式配置环境变量。
  1. 使用PuTTY工具，以Hyper MPI普通用户，如“hmpi_user”登录作业执行节点。
  2. 执行以下命令，安装environment-modules工具。

    yum install -y environment-modules

  3. 执行以下命令，在environment-modules工具安装路径下创建并编辑“Hmpi_modulefiles”配置文件。
    1. 打开“Hmpi_modulefiles”配置文件。

      vi /path/to/install/Hmpi_modulefiles

    2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容：
      #%Module1.0
#  HMPI module for use with 'environment-modules' package:
conflict mpi 
prepend-path  OPAL_PREFIX /path/to/install/hmpi/
prepend-path  PATH /path/to/install/hmpi/bin:/path/to/install/hucx/bin
prepend-path  LD_LIBRARY_PATH /path/to/install/hmpi/lib:/path/to/install/hucx/lib
prepend-path  INCLUDE /path/to/install/hmpi/include:/path/to/install/hucx/include

      /path/to/install：表示environment-modules工具的安装路径。用户若不指定安装路径，则默认安装在“/usr/share/Modules/modulefiles”路径下。

    3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
  4. 执行以下命令，在工具安装路径下加载环境变量。

    module use /path/to/install

    module load /path/to/install/Hmpi_modulefiles

  5. 执行以下命令，将Hyper MPI环境变量写到用户的“~/.bashrc”文件中。
    1. 打开“~/.bashrc”文件。

      vi ~/.bashrc

    2. 按“i”进入编辑模式，添加如下内容：
      module use /path/to/install
module load /path/to/install/Hmpi_modulefiles
    3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

      默认用户的“~/.bashrc”文件在共享目录中，若不在，请修改所有节点的“~/.bashrc”。

  6. 执行以下命令，使配置生效。

    source ~/.bashrc

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