介绍

Abyss是一种从头开始的、并行的、成对末端的序列汇编器，专门用于短读。单处理器版本可用于组装最大100Mbases的基因组。并行版本使用MPI实现，并能够组装更大的基因组。主流的NGS基因组组装软件都是先将序列划分成kmer，然后基于de Bruijn Graph图论算法，得到组装好的序列。程序运行时，kmer字符串时存储在内存中，所以要求计算机的内存要足够大。Abyss基于布隆过滤器，其优点在于它可以平行运算，同时运行多个拼接任务，因此处理的基因比NGS大得多。

关于Abyss的更多信息请访问Abyss官网。

语言：C。

一句话描述：一种基因序列汇编器。

开源协议：GPL。