故障排除

问题一：编译CMake时报The std::unique_ptr错误

现象描述：

编译CMake时报The std::unique_ptr错误，报错信息“CMake Error at CMakeLists.txt:92 (message):

The C++ compiler does not support C++11 (e.g. std::unique_ptr).”。

可能原因：

此错误跟系统时间设置相关。

处理步骤：

• 正确设定系统时间后，重新解压源码包进行编译。
• 执行以下命令修改“CmakeCache.txt”文件。
  1. 打开“CmakeCache.txt”文件。

     vi CmakeCache.txt

  2. 按“i”进入编辑模式，修改第362行的内容。

     CMake_HAVE_CXX_UNIQUE_PTR:INTERNAL=ON

  3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
  4. 再进行编译安装。

     make

问题二：编译ROOT时报CMake Error at TBB-stamp错误

现象描述：

编译ROOT时报CMake Error at TBB-stamp错误，报错信息类似：

CMake Error at TBB-stamp/TBB-download-RelWithDebInfo.cmake:49 (message):

Command failed: 1

'/storage/softwares/TaiShan/CNVnator/CMAKE/bin/cmake' '-Dmake=' '-Dconfig=' '-P' '/storage/softwares/TaiShan/CNVnator/ROOT-6.18/TBB-prefix/src/TBB-stamp/TBB-download-RelWithDebInfo-impl.cmake'

可能原因：

诸如此类找不到文件的错误是由于集群不能联网。

处理步骤：

参考安装CMake将下载的安装包放入CMake后生成的文件夹内即可。

问题三：编译CNVnator时报[cnvnator] Error 1错误

现象描述：

编译CNVnator时报[cnvnator] Error 1错误，报错信息类似：

/usr/bin/ld: samtools/htslib-1.9/libhts.a(hfile_s3.o): undefined reference to symbol 'HMAC@@libcrypto.so.10'

//usr/lib64/libcrypto.so.10: error adding symbols: DSO missing from command line

collect2: error: ld returned 1 exit status

make: *** [cnvnator] Error 1

可能原因：

编译链接出错。

处理步骤：

执行make命令时，使用以下命令：

make LIBS="-lcrypto"