安装htslib

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 使用SFTP工具将htslib安装包上传至服务器“/path/to/AUGUSTUS”目录。
  3. 执行以下命令,安装依赖。

    yum install -y libcurl libcurl-devel openssl openssl-devel zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel boost-devel

  4. 执行以下命令,解压安装包。

    cd /path/to/AUGUSTUS && tar -zxf htslib-1.11.tar.gz

  5. 执行以下命令,重命名并进入安装目录。

    mv htslib-1.11 htslib && cd htslib

  6. 执行以下命令,进行配置。

    autoheader
    autoconf
    sed -i 's/\-O2/\-O3 -march=armv8.2-a -mtune=tsv110/g' `grep -lr "\-O2" ./`
    CC=`which gcc` ./configure --prefix=/path/to/AUGUSTUS/htslib

  7. 执行以下命令,进行编译安装。

    make -j 16
    make install