cd /path/to/autodock tar -xvf autodocksuite-4.2.6-src.tar.gz cd autodocksuite-4.2.6-src/src/
./autodock/configure --prefix=/path/to/autodock/autodock_install ./autogrid/configure --prefix=/path/to/autodock/autogrid_install
autodock/make -j autodock/make install autogrid/make -j autogrid/make install