运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令，进入“nexus”目录。

   cd /path/to/BEAST/beast/examples/nexus

3. 执行以下命令，弹出“BEAUti 2: Standard”弹窗，如图1所示。

   beauti

   图1 BEAUti 2: Standard弹窗
   

4. 序列导入 。
   单击“File > Import Alignment”，弹出“Open”对话框，选择“nexus”目录下的P“rimates.nex”序列文件，如图2所示。

   图2 Primates.nex序列文件
   

5. Link/Unlink partition models（单击“Open”，弹出下列对话框）。

   一般在分析中，导入的是比对好的基因序列信息，但有些情况下，也会存在partition情况。如果联合分析，就需要Link，否则不需要Unlink。

   

6. 替代模型设定。

   针对核甘酸替代模型，可供选择的有GTR、HKY、JC69、TN93，这里用HKY替代模型，Gamma Category Count（碱基替代速率变化等级）一般可设置为4-8，在这里选择4。其它参数如Substitution Rate（替代率）、Shape（GAMMA分布的形状参数）、Frequencies（碱基频率）在分析中均估计。

   

7. 分子钟设置。

   单击“Clock Model”，有Strict Clock（严格分子钟）、宽松分子钟（Relaxed Clock Exponential和Relaxed Clock Log Normal）等。 这里选择Strict Clock，不考虑模型中分子之间的速率变化差异。

   

8. 先验证信息设定。
   1. 单击“Priors tree prior : Yule Model”，其它默认即可。

      

   2. 在Priors这一栏最下方有一个“+Add Prior”按钮, 单击确定后，弹出对话框，选择Tree.t:secondhalf。在Taxon set editor中自定义一个名字：如 fossil information，然后选择需要标定分歧时间的两个物种（如：Homo_sapiens、Pan），移到右边边框。

      

      在校正节点上设置先验证分布信息，首先单击“monophyletic”下拉菜单（[none]）中选择Normal。随后设置分歧时间，Homo sapiens和Pan的分歧在5-7My，因此设定正态分布中心点是6My，标准偏差0.5My，并勾选“monophyletic”。

      

      

9. MCMC选项设定（单击“MCMC”）。

   

   运行链长：10000000（默认1千万步）

   tracelog：链长运行1000次抽样一次

   screenlog: 运行1000次打印到屏幕一次

   treelog.t:tree: 运行1000次打印一个拓扑结构树

10. “xml”文件保存。

    单击“File—Save As”，定义一个输出文件名字，结果生成一个“xml”文件。

    

11. 执行以下命令，进行beast测试。

    beast -threads 128 test01.xml

    需要查看“Primates.log”日志中的“Total calculation time”数值，单位是“s”，数值越小性能越优。

    输出的结果样例如下图所示。