运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 使用SFTP等工具将测试需要的算例上传到“/path/to/CASE”目录下。
3. 执行以下命令解压并重命名Swissprot Proteins数据。

   cd /path/to/CASE
   gzip -d swissprot.gz
   mv swissprot swissprot.fa

4. 执行以下命令将所有的文件放至“data”目录下。

   mkdir data
   mv swissprot.fa data/
   mv protein_query.fasta data/

5. 执行以下命令编译算例的数据。

   export PATH=$BLAST_TOP/c++/ReleaseMT/bin:$PATH
   makeblastdb -in data/swissprot.fa -dbtype prot

   执行完成后会在“data”目录下生成以下4个文件，可使用ls命令查看。

   • swissprot.fa
   • swissprot.fa.phr
   • swissprot.fa.pin
   • swissprot.fa.psq

6. 执行以下命令运行测试。

   { time blastp -query data/protein_query.fasta -db data/swissprot.fa ; } 2>&1 |tee output_protein_alignments.txt

   需要查看日志中最后的time命令输出中的“real”数值，单位是时间“x分钟y秒”，数值越低性能越优。

   输出的结果样例如图1所示。

   图1 测试样例