安装Bowtie2

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令使用Yum安装“zlib.aarch64 zlib-devel.aarch64 zlib-static.aarch64”。

   yum install zlib.aarch64 zlib-devel.aarch64 zlib-static.aarch64

3. 执行以下命令解压安装包。

   unzip bowtie2-2.4.1-source.zip

4. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd bowtie2-2.4.1
   mkdir -p third_party/simde/simde/x86/

5. 执行以下命令进行配置。

   export NO_TBB=1
   export POPCNT_CAPABILITY=0

6. 执行以下命令解压SIMDe。

   unzip simde-master.zip

7. 执行以下命令将SIMDe的文件拷贝到Bowtie2中。

   cp -a /path/to/SIMDE/simde-master/simde /path/to/BOWTIE2/bowtie2-2.4.1/third_party/simde/

8. 执行以下命令解压sse2neno安装包。

   unzip master.zip

9. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd sse2neon-master

10. 执行以下命令将“sse2neon.h”文件拷贝到Bowtie2。

    cp -a SSE2NEON.h /path/to/BOWTIE2/bowtie2-2.4.1/third_party/simde/simde/x86/

11. 执行以下命令进行编译。

    cd ../bowtie2-2.4.1
    make all

12. 执行以下命令设置环境变量。

    export PATH=/path/to/BOWTIE2/bowtie2-2.4.1:$PATH