安装Bowtie

操作步骤

使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。

执行以下命令使用Yum安装依赖包。

yum install zlib.aarch64 zlib-devel.aarch64 zlib-static.aarch64

执行以下命令解压安装包。
```
unzip bowtie-1.2.3.zip
```
执行以下命令进入解压后的目录。
```
cd /path/to/BOWTIE/bowtie-1.2.3
```
执行以下命令修改配置文件“Makefile”。
1. 打开“Makefile”配置文件。
```
vi Makefile
```
2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。
  若要支持aarch64，需在第162行后添加如下粗体部分内容。
```
BITS=32
ifeq (x86_64,$(shell uname -m))
BITS=64
endif
ifeq (aarch64,$(shell uname -m))
BITS=64
endif
```
  在第187行修改如下内容。
```
DEBUG_FLAGS = -O0 -g3 
RELEASE_FLAGS = -O3 
NOASSERT_FLAGS = -DNDEBUG
FILE_FLAGS = -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE
```
  增加aarch64分支，在注释后添加如下粗体内容。
```
M64_FLAGS := -m64
ifeq (aarch64,$(shell uname -m))
M64_FLAG :=
endif
```
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
执行以下命令修改“alphabet.cpp”文件。
1. 打开“alphabet.cpp”配置文件
```
vi /path/to/BOWTIE/bowtie-1.2.3/alphabet.cpp
```
2. 按“i”进入编辑模式，修改第276行的内容。
  修改前：
```
char mask2iupac[16] = {…} 
```
  修改后：
```
signed char mask2iupac[16] = {…}
```
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
执行以下命令新建文件夹。
```
mkdir -p ./third_party/simde/simde/x86
```

执行以下命令进行配置。

export NO_TBB=1
export POPCNT_CAPABILITY=0

执行以下命令解压simde安装包。
```
unzip simde-master.zip
```
执行以下命令将“simde-master”下的“simde”文件夹拷贝到“bowtie-1.2.3/third_party/simde/”下。
```
cp -a  simde-master/simde  /path/to/BOWTIE/bowtie-1.2.3/third_party/simde/
```
执行以下命令解压sse2neno安装包。
```
unzip sse2neon-master.zip
```
执行以下命令将“SSE2NEON.h”文件拷贝到“bowtie-1.2.3/third_party/simde/simde/x86/”下。
```
cp -a sse2neon-master/SSE2NEON.h  /path/to/BOWTIE/bowtie-1.2.3/third_party/simde/simde/x86/
```
执行以下命令进行编译。
```
cd /path/to/BOWTIE/bowtie-1.2.3
make
```
执行以下命令进行安装。
```
make install
```
执行下面命令设置环境变量。
export PATH=/path/to/BOWTIE/bowtie-1.2.3:$PATH

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