Bowtie自建索引

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入“CHROMFA”目录。

   cd /path/to/CHROMFA

3. 执行以下命令解压chromFa安装包

   tar -xzvf chromFa.tar.gz

4. 执行以下命令进行重定向。

   cat *.fa > man.fa

5. 执行以下命令构建索引。

   bowtie-build --threads 128 man.fa man_index

6. 执行以下命令新建一个目录“man_hg19”，将生成的“man_index*.ebwt”文件放入此目录下。

   mkdir man_hg19
   mv  *.ebwt  man_hg19