故障排除

问题一:安装Bowtie时错误

现象描述

安装Bowtie时make编译若报错,具体错误为:narrowing conversion of ‘-1’ from ‘int’ to ‘char’ inside { } [-Wnarrowing]。

原因分析

缩窄转换错误。

处理步骤

执行以下命令修改“alphabet.cpp”文件。
  1. 打开“alphabet.cpp”文件。
    vi /path/to/BOWTIE/bowtie-1.2.3/alphabet.cpp
  2. 按“i”进入编辑模式,修改第276行的内容。
    修改前:
    char mask2iupac[16] = {…} 
    修改后:
    signed char mask2iupac[16] = {…}  
  3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。