操作步骤

使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
执行以下命令进入“/path/to/BRAKER”目录。
```
cd /path/to/BRAKER
```

执行以下命令下载并解压ProtHint安装包。

wget https://github.com/gatech-genemark/ProtHint/archive/refs/tags/v2.6.0.tar.gz
tar xvf v2.6.0.tar.gz

执行以下命令进入解压后的目录。
```
cd ProHint-2.6.0
```

执行以下命令下载依赖包。

wget https://github.com/ogotoh/spaln/archive/refs/tags/veer.2.4.9b.tar.gz

执行以下命令解压依赖包。
```
tar xvf veer.2.4.9b.tar.gz
```
执行以下命令进入解压后的目录。
```
cd spaln-veer.2.4.9b/src
```
执行以下命令进行配置。
```
CXX=g++ ./configure
```
执行以下命令修改“codepot.h”文件。
1. 打开“codepot.h”文件。
```
vi codepot.h
```
2. 按“i”进入编辑模式，修改第37行的内容。
  修改前：
  
  修改后：
  
  执行9.a之后，按“Esc”键，输入:set nu，按“Enter”即可显示出行号。
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
执行以下命令进行编译安装。
```
make
make install
```

执行以下命令加载环境变量。

export PATH=/path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0/spaln-veer.2.4.9b/bin:$PATH

执行以下命令进入“ProHint-2.6.0”目录。
```
cd /path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0
```

执行以下命令下载“spaln-boundary-scorer.git”。

git clone https://github.com/gatech-genemark/spaln-boundary-scorer.git

执行以下命令解压安装包。
```
tar xvf spaln-boundary-scorer.git
```
执行以下命令进入解压后的目录。
```
cd spaln-boundary-scorer
```
执行以下命令修改“Makefile”文件。
1. 打开“Makefile”文件。
```
vi Makefile
```
2. 按“i”进入编辑模式，将第1行的内容修改为“CC=clang++”。
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
执行以下命令进行编译。
```
make
```

执行以下命令设置环境变量。

export PATH=/path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0/spaln-boundary-scorer:$PATH

执行以下命令替换依赖。

cd /path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0/dependencies
rm -rf spaln_table spaln spaln-boundary-scorer diamond
cp -r /path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0/spaln-veer.2.4.9b/table spaln_table
cp /path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0/spaln-veer.2.4.9b/bin/spaln .
cp /path/to/BRAKER/ProHint-2.6.0/spaln-boundary-scorer/spaln-boundary-scorer .

将表1中安装DIAMOND完成后生成的可执行文件“diamond”拷贝到当前目录。

安装ProtHint

操作步骤