运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入算例目录。

   cd /path/to/BRAKER/BRAKER-2.1.6/example

3. 执行以下命令设置各依赖的环境变量。
   1. 设置环境变量“AUGUSTUS”到安装目录下的“config”。

      export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=/path/to/augustus_config

   2. 设置环境变量“AUGUSTUS”到安装目录下的“bin”。

      export AUGUSTUS_BIN_PATH=/path/to/augustus_bin

   3. 设置环境变量“AUGUSTUS”到安装目录下的“scripts”。

      export AUGUSTUS_SCRIPTS_PATH=/path/to/augustus_scripts

   4. 设置环境变量“DIAMOND”到可执行文件“diamond”的这级目录。

      export DIAMOND_PATH=/path/to/diamond

   5. 设置环境变量“GENEMARK”到可执行文件“gmhmme3”的这级目录。

      export GENEMARK_PATH=/path/to/GENEMARK

   6. 设置环境变量“BAMTOOLS”到可执行文件“bamtools”的这级目录。

      export BAMTOOLS_PATH=/path/to/BAMTOOLS

   7. 设置环境变量“CDBTOOLS”到可执行文件“cdbfasta”的这级目录。

      export CDBTOOLS_PATH=/path/to/cdbfasta

   8. 设置环境变量“SAMTOOLS”到可执行文件“samtools”的这级目录。

      export SAMTOOLS_PATH=/path/to/samtools

4. 执行以下命令进行验证。

   braker.pl --help