BWA是用于将低分叉序列比对到大的参考基因组比如人基因组的软件包。BWA主要是由三种算法组成：BWA-backtrack、BWA-SW和BWA-MEM。第一个算法是针对于illumina测序reads最多100bp的算法。后面两个主要是针对于从70bp到1Mbp的更长序列。BWA-SW和BWA-MEM拥有一些相同的特征例如长reads支持和序列分开模式。但是相对而言，更加推荐BWA-MEM，可以更快和更准确在更高质量的序列上比对。BWA-MEM相比较BWA-backtrack在70-100bp illumina reads上有更好的性能。
关于BWA的更多信息请访问BWA官网。
语言：C。
一句话描述：基因比对。
开源协议：GPL 3.0。
建议使用的版本为“BWA 0.7.17”。