编译和安装

前提条件

已获取“SSE2NEON.h”文件,获取路径:https://github.com/jratcliff63367/sse2neon

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令进入BWA安装包所在目录。

    cd /path/to/BWA

  3. 执行以下命令解压BWA安装包。

    tar -xvf bwa-0.7.17.tar.bz2

  4. 执行以下命令进入解压后的目录。

    cd bwa-0.7.17

  5. 执行以下命令将“sse2neon.h”拷贝到编译器的安装目录下。

    cp SSE2NEON.h /path/to/GNU/lib/gcc/aarch64-unknown-linux-gnu/9.1.0/include

  6. 执行以下命令修改“Makefile”文件。

    1. 打开“Makefile”文件。
      vi Makefile
    2. 按“i”进入编辑模式,修改第14行的内容。
      INCLUDES= -I/path/to/GNU/lib/gcc/aarch64-unknown-linux-gnu/9.1.0/include

      请根据实际情况修改“include”的路径,该路径为GNU编译器的“include”目录。

    3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

  7. 执行以下命令修改“ksw.c”文件。

    1. 打开“ksw.c”文件。
      vi ksw.c
    2. 按“i”进入编辑模式,修改第29行的内容。
      include <SSE2NEON.h>
    3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

  8. 执行以下命令进行编译。

    make

  9. 执行以下命令加载BWA环境。

    export PATH=/path/to/BWA/bwa-0.7.17:$PATH