运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入安装好的“CHASTE”文件夹。

   cd /path/to/CHASTE

3. 执行以下命令串行执行测试算例。

   tar -xvf Propagation3d.tgz
   cd Propagation3d
   Chaste ChasteParameters.xml

   运行完成后部分回显信息如下，并会在“/tmp/root/testoutput/ChasteResults”目录下生成相应文件。

            InMesh             Init           AssSys              Ode            Comms           AssRhs           NeuBCs           DirBCs              Ksp           Output   DataConversion         PostProc            User1            User2            User3            Total
     24.748 ( 17%)    15.570 ( 10%)    76.167 ( 51%)    23.206 ( 15%)     0.032 (  0%)     0.605 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     6.753 (  5%)     0.118 (  0%)     8.987 (  6%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)   149.822 (100%)  (seconds)

   

   “progress_status.txt”：在运行模拟时可以查看此文件来估算所需时间。

   “3dResults.h5”：HDF5格式的模拟输出。

   “Output（文件夹）”：包含转换为Meshalyzer格式的输出。

   “cmgui_output（文件夹）”：包含转换为CMGUI格式的输出cd。

   “vtk_output（文件夹）”：包含转换为Paraview（VTK）格式的输出。

4. 执行以下命令并行执行测试算例。

   mpirun -np 96 --mca btl ^openib --allow-run-as-root Chaste ChasteParameters.xml

   运行完成后部分回显信息如下，并会在“/tmp/root/testoutput/ChasteResults”目录下生成相应文件。

   Proc          InMesh             Init           AssSys              Ode            Comms           AssRhs           NeuBCs           DirBCs              Ksp           Output   DataConversion         PostProc            User1            User2            User3            Total
     0:    5.108 ( 21%)     0.676 (  3%)     0.881 (  4%)     0.355 (  1%)     0.061 (  0%)     0.015 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.319 (  1%)     0.181 (  1%)    16.723 ( 68%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)    24.743 (100%)  (seconds)
     1:    5.195 ( 21%)     0.759 (  3%)     1.147 (  5%)     0.356 (  1%)     0.046 (  0%)     0.015 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.319 (  1%)     0.181 (  1%)    16.719 ( 68%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)    24.742 (100%)  (seconds)
     2:    5.109 ( 21%)     0.676 (  3%)     0.867 (  4%)     0.355 (  1%)     0.061 (  0%)     0.014 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.319 (  1%)     0.181 (  1%)    16.718 ( 68%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)    24.739 (100%)  (seconds)
     3:    5.129 ( 21%)     0.692 (  3%)     0.953 (  4%)     0.355 (  1%)     0.059 (  0%)     0.014 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.319 (  1%)     0.181 (  1%)    16.719 ( 68%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)    24.743 (100%)  (seconds)
     4:    5.104 ( 21%)     0.672 (  3%)     0.857 (  3%)     0.356 (  1%)     0.061 (  0%)     0.015 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.319 (  1%)     0.181 (  1%)    16.719 ( 68%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)     0.000 (  0%)    24.739 (100%)  (seconds)