操作步骤

使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
执行以下命令进入Samtools安装目录。
```
cd /path/to/SAMTOOL
```
执行以下命令解压Samtools安装包。

需要分别安装Samtool和htslib，避免使用包含htslib的Samtools，否则编译中会出现报错。
```
tar -xvf samtools-0.1.19.tar.gz
```
执行以下命令进入解压后的目录。
```
cd samtools-0.1.19
```
执行以下命令获取GNU的绝对路径。
```
which gcc
```
执行以下命令修改“Makefile”文件。
1. 打开“Makefile”文件。
```
vi Makefile
```
2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。
  修改前：
```
CC     = gcc 
```
  修改后：
```
CC     = /path/to/GNU/bin/gcc 
```
3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
执行以下命令进行编译安装。
```
make
```

执行以下命令将生成的二进制文件拷贝到根目录默认路径中，可以使Cufflinks直接识别Samtools及htslib文件。

mkdir /usr/local/include/bam
cp /path/to/SAMTOOL/samtools-0.1.19/libbam.a /usr/local/lib
cp /path/to/SAMTOOL/samtools-0.1.19/*.h /usr/local/include/bam/
cp /path/to/SAMTOOL/samtools-0.1.19/samtools /usr/bin/

安装Samtools

操作步骤