运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入源码自带的测试文件路径并运行。

   cd /path/to/CUFFLINKS/cufflinks-master/external_tests/tiny_tests/2x75

3. 执行以下命令转换算例格式。

   samtools view -bS accepted_hits.sam > accepted_hits.bam

4. 执行以下命令运行算例。

   cufflinks accepted_hits.bam

   运行状态如下所示，表示Cufflinks正常结束。

   Warning: Using default Gaussian distribution due to insufficient paired-end reads in open ranges.  It is recommended that correct parameters (--frag-len-mean and --frag-dev) be provided.
   > Map Properties:
   >       Normalized Map Mass: 90.00
   >       Raw Map Mass: 90.00
   >       Fragment Length Distribution: Truncated Gaussian (default)
   >                     Default Mean: 200
   >                  Default Std Dev: 80
   [19:58:21] Assembling transcripts and estimating abundances.
   > Processed 1 loci.                            [*************************] 100%