现象描述:
编译Cufflinks时报错,报错信息为:“undefined reference to 'lzma_stream_buffer_bound'”。
可能原因:
没有安装lzma相关依赖包。
处理步骤:
执行以下命令安装“xz-devel.aarch64”。
yum install xz-devel.aarch64
现象描述:
编译Cufflinks时报错,报错信息为:“error:we could not detect bam”。
可能原因:
处理步骤:
vi configure
succeeded=yes
vi configure
bam/version.h
现象描述:
编译Cufflinks时报错,报错信息为:“make提示找不到htslib”。
可能原因:
使用了samtools内置htslib,当前版本不支持内置版本。
处理步骤:
需要在独立安装htslib,将生成的“libhts.*”复制到“lib”路径中。
执行以下命令安装htslib。
tar -xvf htslib-1.9.tar.bz2 cd htslib-1.9 make cp libhts.* /usr/local/lib
现象描述:
编译Cufflinks时报错,报错信息为:
GHash.hh:91:44: error: type/value mismatch at argument 1 in template parameter list for ‘template<class _Tp> struct std::hash’ 91 | while (pos<fCapacity && hash[pos].hash<0) pos++; | ^
可能原因:
Cufflinks源码bug,已在最新master版本中修正。
处理步骤:
请下载最新的Cufflinks安装包。
下载地址:https://codeload.github.com/cole-trapnell-lab/cufflinks/zip/master
现象描述:
运行测试时报错,报错信息类似:“error while loading shared libraries: libhts.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory”。
可能原因:
未增加htslib环境变量。
处理步骤:
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/HTSLIB/htslib-1.9:$LD_LIBRARY_PATH