运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令下载算例文件。

   wget http://labshare.cshl.edu/shares/schatzlab/www-data/ectools/w303/Illumina_500bp_2x300_R1.fastq.gz
   wget http://labshare.cshl.edu/shares/schatzlab/www-data/ectools/w303/Pacbio.fasta.gz

3. 执行以下命令解压算例文件。

   gzip Pacbio.fasta.gz –d
   gzip Illumina_500bp_2x300_R1.fastq.gz -d

4. 执行以下命令处理数据。

   SelectLongestReads sum 600000000 longest 0 o Illumina_50x.fastq f Illumina_500bp_2x300_R1.fastq

   

   SelectLongestReads sum 260000000 longest 0 o Pacbio_20x.fasta f Pacbio.fasta

   

5. 执行以下命令创建“Illumina_data”目录，并将生成的fastq文件拷贝至“Illumina_data”目录中。

   mkdir Illumina_data && cp Illumina_50x.fastq Illumina_data/

6. 执行以下命令创建“Pacbio_data”目录，将生成的fasta文件拷贝至“Pacbio_data”目录中。

   mkdir Pacbio_data && cp Pacbio_20x.fasta Pacbio_data/

7. 执行以下命令创建并进入“step1”目录。

   mkdir step1 && cd step1

8. 执行以下命令利用Illumina小片段文库数据组装出contigs序列。

   SparseAssembler LD 0 k 51 g 15 NodeCovTh 1 EdgeCovTh 0 GS 12000000 f ../Illumina_data/Illumina_50x.fastq

   

   SparseAssembler LD 1 NodeCovTh 2 EdgeCovTh 1 k 51 g 15 GS 12000000 f ../Illumina_data/Illumina_50x.fastq

   

   生成如下文件。

   

9. 执行以下命令找Contigs序列和Pacbio reads的Overlap并进行Layout。

   DBG2OLC k 17 AdaptiveTh 0.0001 KmerCovTh 2 MinOverlap 20 RemoveChimera 1 Contigs Contigs.txt f ../Pacbio_data/Pacbio_20x.fasta

   回显显示信息如下图所示。

   

   生成如下文件。

   

10. 使用“/opt/biosoft/DBG2OLC/utility/”目录下的“python”和“shell”脚本，调用blasr和consensus模块的Sparc进行运算。
    1. 执行以下命令修改“split_and_run_sparc.sh”脚本。

       vi split_and_run_sparc.sh

    2. 按“i”进入编辑模式，注释第27行的内容，添加第28行的内容。

       

       

       执行10.a之后，按“Esc”键，输入:set nu，按“Enter”即可显示出行号。

    3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
    4. 在step1目录下执行以下命令。

       cp ../Pacbio_20x.fasta .
       cat Contigs.txt Pacbio_20x.fasta > ctg_pb.fasta
       mkdir consensus_dir
       split_and_run_sparc.sh backbone_raw.fasta DBG2OLC_Consensus_info.txt ctg_pb.fasta ./consensus_dir 2 >cns_log.txt

       

       生成如下文件。