操作步骤

使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
执行以下命令，进入算例目录。
```
cd /path/to/DELLY/CASE
```

执行以下命令，解压算例。

gzip -d SRR742200_1.fastq.gz
gzip -d hg19.fa.gz

执行以下命令，创建索引文件。
```
bwa index -a bwtsw hg19.fa
```

执行以下命令，生成“.sam”文件。

bwa mem -t 96 hg19.fa SRR742200_1.fastq > bwa.sam

执行以下命令，生成并处理“.bam”文件。

samtools view -bS bwa.sam > SRR742200_1.bam
samtools sort -@96 SRR742200_1.bam -o SRR742200_1.sort.bam
samtools index -@96 SRR742200_1.sort.bam SRR742200_1.sort.bam.bai

执行以下脚本复制“.bam”文件，用于模拟同时运行多个样本。

#!/bin/bash
for varible1 in {1..127}
do
cp SRR742200_1.sort.bam SRR742200_1${varible1}.sort.bam && cp SRR742200_1.sort.bam.bai SRR742200_1${varible1}.sort.bam.bai
done

执行以下命令，运行算例。
```
cp /path/to/DELLY/delly-0.8.5/excludeTemplates/human.hg19.excl.tsv ./
{ time OMP_NUM_THREADS=128 delly call -x human.hg19.excl.tsv -o delly.bcf -g hg19.fa SRR742200_1*.sort.bam; }  2>&1 | tee -a  kp920-7265.log
```
Delly主要在样本级别进行并行化。因此，OMP_NUM_THREADS应始终小于或等于输入样本的数量。此处为128个样本，所以OMP_NUM_THREADS设置成128。

显示如图1，则说明运行成功。

图1 运行结果
执行以下命令，将结果转成VCF格式并查看输出结果。
```
bcftools view delly.bcf > delly.vcf && cat delly.vcf | more
```
输出结果如图输出结果所示。

图2 输出结果

运行验证

操作步骤