编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令解压安装包。

   tar -xvf fasta36-36.3.8h_04-May-2020.tar.gz
   unzip sse2neon-master.zip

3. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cp sse2neon-master/sse2neon.h /path/to/FASTA/fasta36-36.3.8h_04-May-2020/src/
   cd /path/to/FASTA/fasta36-36.3.8h_04-May-2020/make

4. 执行以下命令修改“Makefile.linux64_sse2”文件。
   1. 打开“Makefile.linux64_sse2”文件。

      vim Makefile.linux64_sse2

   2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

      13 SHELL=/bin/bash
      14
      15 CC = gcc -g -O2 -march=armv8.2-a
      16 LIB_DB=

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

5. 执行以下命令切换到src目录。

   cd ../src

6. 执行以下命令修改“smith_waterman_sse2.c”文件。
   1. 打开“smith_waterman_sse2.c”文件。

      vim smith_waterman_sse2.c

   2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

      23 #include "sse2neon.h"
      24 #endif

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

7. 执行以下命令修改“global_sse2.c”文件。
   1. 打开“global_sse2.c”文件。

      vim global_sse2.c

   2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

      21 #else
      22 #include "sse2neon.h"
      23 #endif

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

8. 执行以下命令修改“glocal_sse2.c”文件。
   1. 打开“glocal_sse2.c”文件。

      vim glocal_sse2.c

   2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

      21 #else
      22 #include "sse2neon.h"
      23 #endif

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

9. 执行以下命令进行编译和安装。

   make -f ../make/Makefile.linux64_sse2

10. 执行以下命令进入“data”目录。

    cd /path/to/FASTA/fasta36-36.3.8h_04-May-2020/data