运行和验证

操作步骤(命令行使用方法)

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令创建测试目录。

    mkdir -p /path/to/FASTQC/test

  3. 执行以下命令复制测试算例到测试目录,并进入测试目录。

    cp SRR742200_1.fastq.gz /path/to/FASTQC/test
    cd /path/to/FASTQC/test

  4. 执行以下命令解压测试算例。

    gzip -d SRR742200_1.fastq.gz

  5. 执行以下命令运行测试。

    /path/to/FASTQC/FastQC/fastqc -o ./ ./SRR742200_1.fastq

  6. 运行完成后会生成“SRR742200_1_fastqc.html”“SRR742200_1_fastqc.zip”,执行以下命令可查看文件是否存在。

    ll

    使用浏览器打开“html”文件查看结果。

操作步骤(图形界面使用方法)

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令登录图形化界面。

    /path/to/FASTQC/FastQC/fastqc

  3. 单击左上角File > Open,选择算例。

  4. 选择算例后单击“Open”,显示如下图则表示在运行测试。

    结果样例如图1所示。

    图1 结果样例