介绍

HiCUP（Hi-C User Pipeline）是由英国Babraham研究所开发的一款用于预处理HiC数据的软件，该软件利用HiC建库过程中使用的限制性内切酶识别原始HiC reads的酶切位点和参考基因组的酶切位点文件，然后通过比对、过滤和去重复步骤来获得有效的HiC数据用于下游分析。它主要通过5个perl脚本（除控制脚本）实现目的。

关于HiCUP的更多信息请访问HiCUP官网。

语言：Perl。

一句话描述：HiCUP是一款用于预处理HiC数据的软件。

开源协议：LGPL-3.0。