编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令解压KneadData安装包。

   cd /path/to/kneaddata
   unzip kneaddata-0.7.7-alpha.zip

3. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd kneaddata-0.7.7-alpha

4. 执行以下命令编辑“setup.py”文件。
   1. 打开“setup.py”文件。

      vi setup.py

   2. 按照下图添加“import shutil”，后面拷贝Bowtie2文件使用。

      

   3. 在“def download_unpack_zip”模块内，添加如下内容。

      test1 = r'/path/to/Bowtie2/bowtie2-2.4.2-linux-aarch64.zip'
      shutil.copy(test1,download_file)

      

   4. 搜索“if not bowtie2_installed or replace_install”。

      注释掉包含“bowtie2-2.2.3-linux.x86_64.zip”的两行，添加如下内容：

      bowtie2_file="bowtie2-2.4.2-linux-aarch64.zip"
      bowtie2_url="http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.2/bowtie2-2.4.2-linux-aarch64.zip"

      注释掉bowtie2_folder=”bowtie2-2.2.3”，添加如下内容：

      bowtie2_folder="bowtie2-2.4.2-linux-aarch64"

      

5. 执行以下命令进行安装。

   python setup.py install