编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令创建并进入conda环境。

   conda create -n kobas && conda activate kobas

   

3. 执行以下命令安装Python环境。

   conda install -c bioconda -c conda-forge python=2.7.15

4. 执行以下命令安装依赖。

   conda install -c conda-forge -c bioconda pandas
   /path/to/pip install blast

   

   “/path/to/pip”表示conda环境下的“pip”目录，可用which pip查看具体路径。

   conda install -c conda-forge -c bioconda r-base
   /path/to/pip install rpy2==2.8.5
   /path/to/pip install biopython==1.75 --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
   conda install -c conda-forge -c bioconda bioconductor-qvalue

5. 执行以下命令安装KOBAS。

   conda install --use-local kobas-3.0.3-py_2.tar.bz2