编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入目录解压安装包。

   cd /path/to/LTR_retriever
   tar -xvf v2.9.0.tar.gz
   cd LTR_retriever-2.9.0

3. 执行以下命令配置相关依赖项。

   vim paths

4. 将BLAST+、RepeatMasker、HMMER、CDHIT的安装目录补充上。

   BLAST+=/path/to/rmblast/rmblast_install/bin
   RepeatMasker=/path/to/RepeatMasker/RepeatMasker
   HMMER=/path/to/HMMER/bin
   CDHIT=/path/to/LTR_retriever/cdhit-4.8.1

5. 执行以下命令加载环境变量。

   export PATH=/path/to/LTR_retriever LTR_retriever-2.9.0:$PATH