安装RepeatMasker

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令解压源码包。

   tar zxvf RepeatMasker-open-4-0-7.tar.gz

3. 执行以下命令进入解压后目录。

   cd RepeatMasker

4. 执行以下命令编译安装。

   perl ./configure

   

   根据提示指定“perl/rmblast/trf”路径，若上述依赖已经加载环境变量，默认可以识别到正确的路径。

5. 执行以下命令将源码根目录下生成的可执行文件加载环境变量。

   export PATH=/path/to/repeatmasker:$PATH

6. （可选）注册并下载Repbase（http://www.girinst.org），将Repbase压缩包解压并放入“RepeatMasker/Libraries”路径。
   

   当需要使用Repbase数据库保存物种数据时，执行此操作。