编译和安装

  1. 使用Putty工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令安装Numpy。

    pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple numpy

  3. 执行以下命令安装scipy。

    LAPACK=/path/to/OPENBLAS/lib/libopenblas.so BLAS=/path/to/OPENBLAS/lib/libopenblas.so pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple scipy

  4. 执行以下命令安装Ont-tombo。

    CFLAGS="-I/path/to/HDF5/include -L/path/to/HDF5/lib" pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple ont-tombo
    安装完成显示如下实例信息,则表示安装成功。
    Successfully installed cython-0.29.15 future-0.18.2 h5py-2.10.0 mappy-2.17 ont-tombo-1.5.1 tqdm-4.43.0