编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令，解压PMAL安装包。

   tar xf paml4.9j.tgz

3. 执行以下命令，进入解压后的目录。

   cd paml4.9j

4. 执行以下命令，删除“paml4.9j/bin/”文件夹中的Windows可执行文件（.exe文件）。

   cd /path/to/PAML/paml4.9j/bin

   rm *.exe

5. 执行以下命令，进行编译。

   cd /path/to/PAML/paml4.9j/src

   make -f Makefile

   ls -lF

   rm *.o

6. 执行以下命令，复制src下的可执行文件到“bin”目录下。

   cp /path/to/PAML/paml4.9j/src/baseml basemlg codeml pamp evolver yn00 chi2 /path/to/PAML/paml4.9j/bin

   cd ..

   ls -lF bin

   “bin”目录下有以下三个文件，说明编译成功。

   bin/baseml
   bin/codeml
   bin/evolver