运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入解压后的软件包。

   cd panphlan-3.1

3. 执行以下命令下载宏基因组样本。
   

   3与5是需前往国外网站下载，否则无法正常下载。

   wget https://www.dropbox.com/s/oi26jg0v7ktlavc/panphlan_tutorial_samples.tar.bz2

4. 执行以下命令解压样本。

   tar -xvjf panphlan_tutorial_samples.tar.bz2

5. 执行以下命令下载参考基因组。

   python3 panphlan_download_pangenome.py -i Eubacterium_rectale

6. 执行以下命令将样本映射到泛基因组。

   mkdir map_results/
   python3 panphlan_map.py -i samples_fastq/CCMD34381688ST-21-0.fastq --indexes Eubacterium_rectale/Eubacterium_rectale   -p Eubacterium_rectale/Eubacterium_rectale_pangenome.tsv -o map_results/CCMD34381688ST-21-0_erectale.tsv

   输出如下内容表示成功。

   

7. 执行以下命令分析菌株。

   python3 panphlan_profiling.py -i map_results --o_matrix result_profile_erectale.tsv -p Eubacterium_rectale/Eubacterium_rectale_pangenome.tsv --add_ref

   输出如下内容表示成功。

   

8. 执行以下命令查看生成的结果文件。

   cat result_profile_erectale.tsv